正当刘邦与项羽虚以伪蛇的时候，钟儒机赶回了咸阳。老头儿在路上听说了白里樗谋反想杀秦昱的事情，立马就猜到了事情的真相，什么匈奴使者都是假的，白里樗想支开自己谋杀秦昱是真，所以一接到消息，就马不停蹄的赶了回来，但没想到秦昱的手段如此之快，白里樗自然没得好下场，但秦昱借白里樗之手铲除老秦家族势力的雷霆手段也让老头儿赞叹不已，看来自己跟上了一位杀伐果断的明君。
咸阳宫中，秦昱、钟儒机和秦良在一起商量着下一步的行动。
“据探马来报，项羽已移师武关，与刘邦汇成一处，若是全力攻打武关，恐是凶多吉少！陛下还得早做准备！”秦良对秦昱说道。[..com]
“郎中令大可放心，我料项羽与刘邦不可能全力攻关，刘邦与项羽间多有间隙，当rì伪楚王发言道：先进关中者为王，但有项羽在，刘邦绝然不敢与其相争，且又怕与项羽相处久了为其吞并，所以必然借故后撤，所以我军只需面临项羽一军。”钟儒机言道。
秦昱当rì把虞姬退还至刘邦时，早已料到这点，历史上刘邦是先破南阳，把南阳、宛县打下后才打武关的，现在的形势跟有历史上的形势较为相似，武关之外已经没有秦军的立足之地了，而且面对的攻坚的强力人物项羽，但相比历史有所变化的是，秦军一方的忠诚度不是历史上那些个被赵高祸害的失去信心最终投降的将领。这样的局面倒是让结局无法预料。
秦昱回想了一下刘邦入关的经过，其中几个关键人物有郦食其和张良，先是郦食其主张攻打陈留，占了供粮的基地，然后张良出计把武关守将调出给抓住了，让武关的秦军失去了领导，所以武关才被攻破，可见武关若是坚守，刘邦未必能够破关。而打仗无非打的是后勤，如果让章邯把陈留攻下来，再在后方一顿捣乱，给自己腾出时间发展，还有什么担心的？想到这，秦昱定下心计下旨：“武关以秦良为主将，吕马童为副将，只许守关，不许出战，不管敌军如何布置，只守不出，若主将失，则副将为主。另调杨武、杨喜往嶢关驻防，一旦武关有失，将作为防卫咸阳的最后一关。而函谷方面的压力已减，则由司马欣和董翳二将驻守，只许守关，不许出战，抽调部分兵马驻于武县，往来接应函谷关或武关之急。赵侯陈馀、钜鹿侯张耳严守赵地，监视燕、齐两军，章邯率军攻取陈留、荥阳做出西逼武关，东下彭城的大势，务必将项刘两军的粮草供给斩断。”
为了配合军事上的行动，秦昱还制定了一系列瓦解起义军人心的策略，首先对天下诸侯划分几类，一是非常有实力有野心的一类，如项羽、刘邦这一类是无法收买的，则暗派人手挑拨其关系，让各军间产生间隙；第二类是有野心没有实力的，这类诸侯如齐之田市，楚怀王等，则以军剿之；第三类是有实力没野心的，只想在起义军中捞取点好处的，如刚刚复国的韩、燕等，此类诸侯明知自己没有实力争取天下，也没那个野心，就想做个一方诸侯，图个安逸，这类就是秦昱拉拢的对象，许以重金、高位并不追究反叛之罪，不说王位，至少能够封侯（反正在秦昱眼里，将来这些爵位都会要改革掉，只有虚名，没有实权的，封多封少也就是钱的问题），还不用担心安全问题，出于目前楚国势力的强盛，大家没有底会不会招至项羽的报复问题，秦昱也替他们打算的很清楚，目前并不要他们明目张胆的反对项羽或者支持朝庭，只需要按兵不动然后减少与项羽的交往，切断其补给即可，至于理由，这些人都是搞yīn谋的好手，即使项羽来了再有的说。这些诸侯顺势起义无非就是看中秦朝对百姓的压迫过重，起义有利可图，可眼下朝廷突然变动，天下人恨之入骨的赵高和秦二世已死，而当今新皇连续采取一系列有利于民的政策，民怨已开始降温，而反秦主力项羽军和刘邦军均已受挫，加上还有秦军大军在腹部危胁，眼看天下形势并没有起义当时那样的顺利，诸势力暗地里都开始动摇起来。
公元前206年夏，秦军大将章邯攻破刘邦后方重地陈留、荥阳两地，占据了敖仓粮库，反秦大军粮食供给被切断，项羽多次攻打武关，却被坚守不出的秦军弄的毫无办法，眼看粮食补给无法供应，攻击只好暂缓。而另一路反军势力刘邦则纠集所有力量反攻荥阳，但章邯已得到秦昱的密令，将敖仓大批的粮食运回函谷屯积，秦昱还指示将剩余的粮食分发给荥阳和陈留的百姓，虽然对此命令完全不理解，但章邯还是按照秦昱的指示做了，当刘邦大军反攻荥阳和陈留时，章邯却一点未抵抗的让出了陈留和荥阳，率军北撤至三川郡（今洛阳）一带驻扎，背靠函谷关，不论刘邦怎么追赶，就是不与其交战。秦军自沿用秦昱留下的rì常训练方法之后，体能大增，原来彪悍之极的风气加上严酷的训练，使得军队士气相当高昂，进退如一，来去如风，完全不是刘邦这种农民军可比的。历史上刘邦一直在拜韩信为将后，才由韩信开始整顿军队，让一群农民开始慢慢的变成士兵，而在进入关中之前，完全就是一盘散沙，其手下的将领本来就是些市井流氓，即使是张良、萧何等辈也只能算是出谋化策之人，所以在遇到韩信前，刘邦军一半靠运气，一半靠力气打的江山。虽然此时秦军已有八成的把屋击败这群乌何之众，但秦昱仍然要求章邯退避三舍，一是利用这段时间强化军纪，整改军队；二也是利用打后勤战的方式，拖垮起义军。秦军在严令下，一改过去烧杀抢掠地作风，所过之地秋毫无犯，还经常给当地老百姓散发粮食，冰冻的民心开始被融化了。
当刘邦得意洋洋地再次进入荥阳的时候，他惊讶地发现，当地的老百姓们并没有当初那样欢迎他们了，倒是充满了一些jǐng惕的眼神。刘邦陷入了一种尴尬地局面，一方面是粮食不足，另一方面百姓们又不肯将粮食贡献出来，任凭起义军说尽好话，但效果仍然不佳，饿坏了起义军士兵已经开始有人抢粮了，虽然杀了几个暂时安抚了民心，但看着百姓们越来越不信任的眼光，刘邦真是心急如焚。