想要让神河文明恢复昔日辉煌的前提条件之一，就是虚空能量能够在主生物宇宙侵染足够的星域。
三万年多年前，神河文明在称霸已知宇宙上万年之后，已经没有了对手的他们，开始研究一些以前被列为禁忌的技术。
其中一项技术就是超空间传送，神河文明试图打破主生物宇宙的壁垒，凿出一个通向其他宇宙的通道，探索新事物以满足自身越来越盛的研究欲。
因为当有限的生命已经不再是问题的时候，研究者研究新事物的欲望，也将同样没有止境。
于是最终神河文明发现了虚空宇宙，但虚空能量却并不是当时的神河文明能够轻易掌控的，更别说虚空能量会侵蚀主生物宇宙。
而且虚空宇宙是有着一些基础的意识的，它会赐予那些拥抱虚空之人对虚空能量的支配权，以扩张自己的影响。
最终想要将虚空科技推上前台的人，打开了一道巨型的虚空裂隙，早就和主生物宇宙牵扯许久的虚空宇宙，立刻向主生物宇宙导入了海量的虚空能量，侵染了神河文明的发源母星。
虚空之神在主生物宇宙显现而出，而神河文明被誉为神的摇篮，掌握着绝对力量的神们，自然不能容许虚空之神对他们家园的破坏。
于是一场神和神的战争打响了，最终的结果却让所有人都没能想到，神竟然不是虚空之神的对手。
不过神河能存在这么久，他们的科研人员虽然对新事物的好奇心无比强大，但并非是没有远见的愚蠢之人。
神河人通过一些手段，远程关闭了维持虚空之神显现的超时空传送门，已经是无源之水的虚空之神用自己的所有能量影响了神河星系的恒星，让其迅速完成了超新星化。
一场突然爆发的超新星将神河文明的核心连同大半疆域摧毁，仅剩的神河遗民找到了一些有关于虚空能量的记载，陷入了对虚空的恐惧中，从而分成了两派。
一派是以太空为首的学者派，他们认为虚空是某种更高等级存在的文明，因为神河对他们产生了威胁，从而摧毁了神河。
因此以太空为首的神河遗民想到了一个对抗的方法，那就是将神河的火种散播到整个宇宙，用整个宇宙的力量来对抗毁灭神河的存在，最初的超神学院概念被提出。
幸存的神河学者们分散前往各个神河星图中记载的文明，开始传播神河的知识和理念，并将这些文明带上了造神之路。
这就是超神学院成立的原因，而另一派则是打算研究并利用毁灭神河文明的力量，从而避免重蹈覆辙。
最终他们选择整体拥抱虚空，进入了虚空宇宙，建立了一个存在于虚空宇宙的神河，并将虚空奉为神明，以开发利用虚空能量为宗旨。
太空在虚空宇宙游荡的这千年正是接触到了这一部分选择了虚空的神河遗民。
早已经对重建神河文明不再抱有希望的太空，在和这些存活在虚空的神河人交谈过程中重新恢复了建立神河文明的想法。
但漫长的时间，生存在虚空宇宙的神河人早就已经和虚空能量同化为了一体，他们想要在已知宇宙生存，必须要让虚空在主生物宇宙扩张到一定地步，仅仅一道裂隙可不够。
为了神河人能够重新站在宇宙的顶端，恢复曾经旧神河文明的辉煌，太空最终选择了拥抱虚空。
到底是太空主动拥抱虚空，还是虚空侵染了太空，这些都已经不重要了。
回到主生物宇宙的太空发现，自己留在主生物宇宙的学生卡尔，对于虚空的研究走在了另一条岔道上。
卡尔非但没有被虚空能量所影响和侵染，反而天才般的利用从黑洞中提取的虚空质将自己改造成了寄托于大时钟存在的幻体。
同时还利用虚空质和基因引擎的理论创造性的开发出了虚空引擎，通过虚空质转化抽取虚空能量，并过滤掉其中的侵染因素，纯粹的将其当做一种能量来支配和使用。
甚至卡尔还想要依靠这项技术开创出一个虚空时代，让自己成为被整个宇宙所传颂称赞的最伟大智者。
如果进入虚空宇宙之前的太空校长，他一定会对卡尔大加赞赏，但如今师生二人已经走在了不同的道路上。
在和卡尔交谈过后，并确定了对方并不会改变自己的想法之后，太空校长就选择了放弃和卡尔袒露自己的计划，因为卡尔并不是神河遗民，对能否恢复神河文明的辉煌并不在意。
但太空却在和卡尔交谈的过程中，隐晦的引导了卡尔对于虚空研究的方向，这是卡尔会突然在自己的死歌书院打开通向虚空宇宙的门户原因之一。
同时也是冰华当时带队斩首卡尔的时候，会见到卡尔和麾下的神们在死歌书院和虚空生物相争的原因，因为卡尔也没料到虚空宇宙的门户后面会这么危险。
就当太空等着虚空在冥河扩散，趁机搞事扩大影响范围时，谁也没料到冰华一记快刀斩乱麻，把卡尔给封存了。
死歌书院的研究资料也被转移，虚空的门户更是被冰华给破坏，导致太空的计划刚开始启动就夭折了。
不过正所谓祸福相依，利用自己学生打开虚空门户的计划失败了，但大时钟却陷入了无人执掌的境地。
冰华因为华烨的事情，没空处理大时钟，之后三角体等问题接连出现，大时钟的问题便一直被向后搁置。
太空则是在这段时间唤醒了曾经追随自己的神河遗民，其中卡莎作为暗位面天体计算机理论的补充者，花费一段时间完成了对无主大时钟的权限破解更改。
卡尔在被封存的状态下，失去了对大时钟的执掌权，大时钟也终于回到了他本来的拥有者手中，太空校长。
当太空校长打算自己慢慢鼓捣虚空门户的事情时，烈阳却入主了冥河星系，且对卡尔掌握的虚空技术很感兴趣，到处搜寻卡尔的研究资料。
于是太空满足了烈阳的好奇心，将自己所掌握的虚空知识借由卡尔的研究所交给了烈阳文明。
于是一切顺利成章的发生了，烈阳发现了虚空生物的强大成长性，开始对他们产生了好奇，并亲自培养出了一只足够强大的虚空怪物，并制造了用于实验用的小型虚空通道。
当帝蕾娜摧毁那只虚空生物的时候，准备多时的太空校长借由那还未消散稀释的虚空能量锚定了永久的虚空裂隙。
之后有太空的故意引导，也有烈阳文明的粗心大意，以至于最后虚空裂隙演变成了无法被处理的虚空之隙。