乔丹就这样在纽约碰得焦头烂额。这个时候，他知道怎么让记者们闭嘴。他第一个举动是禁止记者采访，并且整个公牛队也皆拒绝会见记者。为此公牛队被NBA罚款25000美元。
NBA大区决战采用七战四胜制，先输两阵无需太悲观。面对困境仍然不慌不忙是杰克逊教练的优点，他说:“先想下一场比赛胜利，才能继续前进。”接下来的第三战在主场，公牛队的表现极佳，完全压倒尼克斯队，虽然乔丹的投射欠准，但是球队仍有100分以上的成绩，以103比83破了尼克斯队。当中以皮蓬的表现最令人注目。这一战是他们的转折点，他们重新拾回两连冠的自信。
第四战，一直投射失准的乔丹终于恢复状态，30球入18球，最后更取得54分之多，完全控制了比赛。公牛队以105比95获胜，将总比分扳平。双方同又回到一条起跑线上.
双方二比二打平之后，公牛队重回纽约作客的第五战是关键性赛事，因为公牛队如果要出线，最少要作客纽约时取得1场胜利，由于据过往历史的显示，战至第7仗的时候，主场球队会取得压倒性的优势，因此必须先胜第五战，然后再取之后主场第六战的胜利，这样就会避开第七场比赛。
第五战最后一连串的表现实在值得重温，当时公牛队以1分之微领先，尼克斯队十分小心，尤因和斯塔克斯采用挡拆战略，这时公牛队采用的措施就是不让斯塔克斯做掩护，使他走往相反方向的底线，退到底线的斯塔克斯只好把球回传给尤因，但被防守尤因的金所挡，球落到史密斯手上，史密斯在篮底尝试投篮，但这时乔丹已经补了过来，将球盖回到史密斯的手里，史密斯接球后又出手，这时皮蓬又跳起来将球盖掉，同样球又被史密斯捡到，接下来又被格兰特盖掉一次，史密斯总共出手了四次，都被盖掉。
最后篮球落在格兰特的手上，跟着立刻便传到乔丹手上，乔丹没有停球就再传给已经快速反击的阿姆斯特朗，而后者也不负所望投球擦板入篮，最终公牛队便以3分之微胜出此仗。
麦迪逊广场花园内一片死气沉沉，纽约球迷均认为尼克斯队可以得胜，因此十分泄气，到此时，不仅尼克斯队忘记了乔丹的大西洋城之行，连挑剔的记者们都开始纷纷转调、继续为飞人唱赞歌了。但乔丹依然不接受记者采访，似乎要将全部精力放在球场上。
第六战，虽然场地是芝加哥，但是并不轻松，乔丹这场比赛的投射再次失准，幸好有皮蓬，皮蓬的出色的表现完全可以填补乔丹，特别是第四节的重要时刻，最后一分钟时他的三分投射，便是全场具最决定性的一球，他成了公牛队在这轮赛事中胜出的最大功臣。乔丹的公牛队以96比88再度胜出，气走了本来不可一世的尼克斯队，也使莱利再一次领教到飞人的厉害。
NBA总决赛的对手是太阳队，感觉跟91年对湖人队的时候很相似，当年是魔术师对乔丹，而今年则是巴克利对乔丹，两次都是好友的对战。由于公牛和太阳两队都是出色的球队，因此战况相当白热化。
在以前，人们问乔丹，为什么你能和巴克利成为最要好的朋友?乔丹答道:“因为我们在场上的位置不同，这样我们就不需要互相盯防，所以我们才成为最好的朋友。”但这次两队交战，这两个好朋友之间就展开了一场真刀真枪的斗争。用乔丹的话来讲:“太阳队，他们只知道打比赛，但不知道怎样打赢比赛，这就是太阳和公牛的区别所在。”
虽然这次公牛队并不占有主场优势，赛前人们也不看好公牛队能夺冠，可乔丹却信心十足，在出发前的飞机上，杰克逊希望球员们至少能在太阳队的主场偷回一场胜利，可乔丹却说道:“为什么不是赢回两场呢?”
虽然太阳队中的得分主力是巴克利，可为巴克利提供支持的球员却是约翰逊，跟对付骑士队的普莱斯一样，杰克逊吩咐阿姆斯特朗要紧守约翰逊，由于约翰逊持球后的动作极快，只要半场一对一稍有空隙，便会被他摆脱。
阿姆斯特朗第一战的防守十分成功，约翰逊第一战13次出手，只命中4次，第二战8次出手，也只命中2次，而且第一战的助攻亦只有2次。客场比赛结束后，公牛队果然在客场取得两场胜利，胜利的天平已经倒向芝加哥这一边了。
在第三战时太阳队主教练在排兵步阵时有了变动，约翰逊的上场时间由前两场的平均32分钟增至第三场的全场赛事。在三度加时的63分钟内，除了最后1分钟外，约翰逊共上阵达62分钟，取得25分，9次助攻以及7个篮板。3度加时后，体力较佳的太阳队终于取回次胜利。
第四战时的乔丹又开始发威，这一仗就彷如乔丹的个人战，决心取胜的乔丹凭一己之力替球队取得胜利。37次投篮有21球命中，最终以个人的55分带领公牛队取胜。
第五战是决定主场优势的重要比赛，虽然是主场战，但是绝对不易应付，大家要考虑的事很多，关系到胜利后跟家人的会面地点，游行时的路线等。除了乔丹外，其他队员都已经做好了庆祝的准备。相反，太阳队则显得十分轻松，好像什么也不在乎的样子，虽然乔丹的表现极为活跃，但球队的表现始终不及太阳，最终在主场落败，局势变成三胜二负。
巴克利率领太阳队在公牛队的主场赢得两场，这下公牛的队员已经没有了第一次到菲尼克斯时的乐趣，大家都因为第五场的败战而心情欠佳，这次乔丹穿了一件相当花哨的衣服，嘴里还叨着一支大雪茄，在飞机上说道：“让我们到菲尼克斯庆祝我们的第三次总冠军吧!冠军级人马，你们的状态如何?”就这样一句话，就将全队的士气调动起来。”
比赛前三节，公牛队的进攻一直很顺利，但是进入第四节时，由于主场气氛热烈，太阳队也因此受到感染开始发力反击，公牛队的进攻开始不顺了，连续出现24秒违例和无谓的失误。第四节前11分钟公牛队就只有乔丹得9分，但在努力防守之下，最后14秒公牛队以2分之差落后，这时太阳队投篮错失，公牛队得到最后反败为胜的机会。
暂停的时候，杰克逊主教练半开玩笑叫队员们争取三分球，不过，作战方法安排为:后场的乔丹传球给前场的皮蓬后，再从他右侧走过接回传球，再作投射，而阿姆斯特朗处于同场的右边，如果乔丹受到防守阻碍的话，亦可以传球给阿姆斯特朗投。
然而实际进行时，传球给皮蓬的瞬间，防守皮蓬的巴克利从他的左侧跳出拦截，因此本来是打算从右方作攻击，就在慌忙间由格兰特和帕克森在左边展开攻击。皮蓬过了巴克利向篮底前进，同时格兰特摆脱了防守他的韦斯特，有见及此，皮蓬便传球给格兰特，格兰特所处的位置距离球篮较远，不是他的最有效射程，虽然可作简单投射，但是他在上仗只有分的进账，而本场比赛的五次投篮亦无一命中，得分方面并不理想，加上在格兰特接球的时候，一直防守着帕克森的安吉企图拦截皮蓬传给格兰特的球，所以放弃了防守帕克森，于是格兰特便立刻把球传给处于三分线外而且无人防守的帕克森，这是一个很好三分球机会，由于帕克森在完全没有防守下接球，投进了这最重要的一球，将比分反超。
这时距比赛结束还有3.9秒，最后，太阳队的攻击由约翰逊负责，不过，他的投篮却被格兰特赏了个火锅，这时裁判哨响。公牛队夺得了三连冠。成为NBA继凯尔特人队之后32年来第一支可以连续三年捧杯的球队。乔丹当选为总决赛MVP.而乔丹在总决赛中与太阳队的6场比赛所创下的平均每场41分的纪录也被载入史册，至今无人打破。
连续三年长时期的争战，乔丹也隐约感到队内的团结协作正日益分崩离析。然而，就在这个时候，乔丹的父亲不幸去世了，
对乔丹来说，93年7月26日是个不祥的日子。这天，乔丹接到一个来自南卡罗莱纳州警察局的电话，电话中的消息震惊了乔丹老乔丹于7月23日被枪杀!
乔丹的父亲詹姆斯的尸体是在南卡罗菜纳州的一片树林里被发现的。当时，他正准备开车行驶在南北卡罗莱纳州的边界上，由于疲惫，他在路旁停车休息。就在睡梦之中，被人抢劫枪杀。他的尸体是在几天后的一个钓鱼的人发现的，尸体躺在小车的座椅上，头上有弹孔，死得很凄惨。老乔丹身上的现金不见了，手指上戴的乔丹送给父亲的总冠军戒指也被盗走。
丧父之痛无疑是对乔丹的一个沉重打击。他一连数天把自己关在屋子里，不说也不动。当时传媒对此事议论纷纷，因为警方随即所拘捕的嫌疑犯都是十八九岁的青年，所以传媒猜测杀人动机可能会是对篮球痴迷而疯狂的球迷想要得到总冠军的戒指，或是其他乔丹的对手的球迷为了打击乔丹。
由此联想到格拉芙的狂热球迷了为保住她不败的神话刺伤了塞莱斯的事件，91年3月到93年6月这段时间，塞莱斯的世界排名几乎都是世界第一。这对有网坛女皇之称的格拉美冲击很大。93年，汉堡网球公开赛，一名格拉芙的疯狂球迷为了保持格拉芙的年终第一排名，在塞菜斯赛间休息的时候用匕首刺伤了塞莱斯的背部，这导致塞莱斯当即退出汉堡公开赛，并让她离开国际网坛整整22个月，人们更倾向于后一种猜测。这些议论使乔丹感到更加沉痛。他觉得自己对父亲的死负有某种责任，虽然他自己也说不清楚究竟是种什么样的责任。
在乔丹的心中，父亲占有的位置无人取代。詹姆斯不但是乔丹自然生命的缔造者，而且也一直是他的教导者、更是他忠实的观众和球迷。乔丹曾回忆到他的童年时代：“我的家给了我争取成功的信念。我小时受的教育非常有益，一直在帮助和推动我成为今天的我。我的品格和笑声都像我父亲，我的商业头脑和严格如同我的母亲。”乔丹打球时喜欢伸出舌头的习惯，就是老乔丹留下的印迹。