乔丹感到无力和愤怒，从来没有过这种情况。他认为自己无法操控局势，手下的人各自为政，自己又没有绝对的领导权。他开始和那些名义上的下属交换意见，结果他发现，一切都乱了。于是他向他的老板请求权力。波林不是劳斯多夫，也不是辛恩，他既不会遮遮掩掩、避重就轻，也不会冒天下之大不韪拒绝乔丹，相反他很尊重乔丹，或者说他很尊重乔丹的价值，于是他只是作样子一般开了个董事会，就给了乔丹足够的权力，任命乔丹为篮球事务部总裁，也就是说只要和篮球有关的东西他都有权过问和处理。这样乔丹已经完全成了奇才篮球方面的国王，对所有人有生杀予夺的本钱。很快，乔丹就找到了第一个开刀对象，就是他一直看不上的三个毒瘤。
说乔丹看不上霍华德，可能有些过分，因为在成为乔丹管理者之前，乔丹还是很欣赏霍华德的，他认为霍华德有一个内线球员该有的所有条件，他身体高大强壮、作风凶悍，既会篮下的各项技术，又具备中投能力，由于欣赏，乔丹在95到98之间的几个夏季中一直邀请霍华德参加自己的训练营，作为主要的内线对手。
可是乔丹显然忽略了一点，那就是篮球并不是只靠天赋就能完成的，信念也是不可或缺的一环，而霍华德除了开始三个赛季中体现出极强的，上进心之外，在大额合同到手后就落入了中产阶级球员的俗套，他根本不值上亿的身价。于是乔丹开始考虑放弃这个中看不中用的家伙。不能解约，否则违约金、的处罚和球员工会的控诉就能让奇才队彻底解体，也不能简单的买断，那是太大的一笔钱，奇才如果这么做，最少三年内无法翻身，这显然不是乔丹希望看到的，他需要的是奇才迅速崛起，所以只剩下一个好办法，就是交易。
前面说过，霍华德是一个很有天赋的球员，这样的球员就算长年消极怠工，也会有人感兴趣，毕竟好的内线球员越来越少了。小牛就是其中一个，小牛在库班入资之后，已经彻底摆脱了贫困的帽子，他们最想做的就是一步登天，内线是他们最紧迫要解决的问题，所以霍华德的市场价值就在于此。2月22日，转会截止日之前，乔丹祭出他的第一桩大手笔，一下让奇才球迷们心跳加速到180，他把表现稳定、但却因年薪1690万美元而倍受责备的霍华德请出帐营，送到了靠网络发家的库班当老板的小牛队。
其实乔丹接手奇才队后，一直致力于彻底改造球队，但他受到的最大限制就是球员薪金过满，所有动作都有心无力。这次交易无疑是球队迈向新起点的开始，而这也是乔丹所希望的。从乔丹的言语就能了解一二“奇才过去一个赛季的成绩非常令人失望，我希望这笔交易将是球队走出困境的开始。”这项奇才同小牛的交易中还涉及另外7人，包括奇才的布斯和埃科济，小牛的莱特纳、亚历山大、戴维斯、沃特和托马斯，但他们都只是凑数的摆设，其功能仅限于进行交易时为各自球队的球员薪水额创造一定的空间。小牛送走的五人薪水总额为1600万，而奇才布斯和埃科济的薪水均为42万。
不得不说，乔丹完成了一项壮举，因为像霍华德这样的球员，就算他再犯滥，一般球队也是不敢动的。第一，他很年轻，他未来怎么样谁都不清楚，而且他几乎成了球队的唯一支柱;第二他是内线球员，别看乔丹不是内线球员，可他比谁都了解内线球员的作用，当年一个尤因就能改变整个尼克斯，甚至影响东部形势，他和尤因是朋友，所以他更知道尤因的力量;第三，霍华德天赋并不差，他之所以成绩下滑，是因为他心态有问题，而不是说他真的一无是处，他的背对篮筐单打和防守能力还是非常出众的。
这样的情况下，乔丹毅然送走霍华德，换来群随时可以清走的二线，很明显，乔丹要给奇才动个大手术。将霍华德送到小牛之后，乔丹瞄准了下一个目标老伤号斯特里克兰。斯特里克兰先天并不出色，但他很有头脑，他打球非常聪明，乔丹在打球的时候曾经盛赞斯特里克兰，说他简直是奇才的大脑。可现在就是这个控制奇才整支球队的家伙开始散漫，他打球明显心不在焉，加上伤病缠身，乔丹已经对他不耐烦了。
未来的一个赛季斯特里克兰将从奇才领走1000万美元工资，这对希望重建的奇才是非常不利的，而且已经34岁的斯特里克兰和奇才的合同还有最后一年，买断合同看来是最佳方式。斯特里克兰在全明星赛后的比赛中突然受伤，这成了乔丹绝好的理由。于是，经过谈判之后，乔丹用250万美元的低廉价钱买断了斯特里克兰最后一年1000万美元的合同，然后宣布他可以投奔任何一支球队。
乔丹之所以能用低廉的价格买下斯特里克兰的合同，完全凭的是超人一等的洞察力。他看出斯特里克兰的心愿，由于伤病和矛盾，斯特里克兰已经在奇才沦为替补，他厌倦了这种板凳生涯，很想转到一支有希望打进季后赛的球队。与此同时，那些季后赛的常客球队开拓者、湖人，热火、76人、步行者都对这位有丰富经验和稳定表现老将表达了自己的兴趣，这样斯特里克兰离开心切，刚好落入球队的圈套。
赶走了霍华德和斯特里克兰之后，奇才唯一个老家伙就是里奇蒙德了。说实话，乔丹和里奇蒙德的私交非常好，他甚至认为里奇蒙德是一个可以媲美他自己的得分后卫，但是随着年龄的增长，里奇蒙德已经不复当年之勇，他的得分跌到了低谷，乔丹也只能挥泪斩马谡。当时里奇蒙德与奇才队有4年4000万美元的合同在身，还有两年才到期。最后里奇蒙德这位六届全明星球员也不得不接受被炒的命运，乔丹送给他2000万，将剩下的两年合同全收。将里奇蒙德顺利送走后，奇才有10001200万美元的工资空额来招兵买马。而乔丹也感到前所未有的轻松。
这个时候，出现了一种传言，说乔丹要复出。这个消息虽然引起轩然大波，但没有多少人真的相信，毕竟乔丹已经38岁了，再次复出极不明智，何况他在管理位置上干的有声有色，何必到球场上受罪呢。乔丹出面辟谣，但是他说得不肯定“我退役的时候已经说过了，我将999不会复出，是的，999，你们非要相信那01吗”这句话表面上把传言推翻了，可是从另一个角度想想，所谓01也不是完全不可能，他再次重复999正好也在强调那01。
这时候奇才的赛季刚刚结束，说奇才的赛季结束并不代表整个的赛季结束了，因为他们和季后赛没沾边。16强的季后赛进行的如火如茶之时，乔丹只能靠复出的猛料让人们想起自己，真的让人感到难过。随后乔丹换了一种方式宣传自己。在5月6日，全球200多家影院，同时上演了一部乔丹传记电影ihaelranhe。乔丹上一次出现在银屏上还是96年，他那部太空大灌篮曾让无数乔丹迷趋之若鹜。
这次乔丹显然也不会让他的拥趸失望，这部为时45分钟的宽银幕电影耗资720万美元，讲述了乔丹不仅是一名篮球天才，还是超越国界、文化和种族的英雄。影片由8段小故事组成，以乔丹在公牛队最后一次夺冠时的情景开头，用高科技将飞人以前的比赛录像揉合在起，让观众有一种身临其境、乔丹在球场上飞跃自如的感觉。在影片中，人们再次清楚地看到爵士大个中锋奥斯特塔格在98年总决赛第三场中，被乔丹在头顶上飞身扣篮后的痛苦表情;听到前公牛教头杰克逊讲述乔丹如何成为最好的防守队员之一;目睹乔丹独自坐在空荡的联合中心球馆回忆往事的场景。这些都是乔丹最辉煌时期的真实写照，相对于管理方面的失意，这个影片无疑是一个极佳的补偿。
现实往往不像电影那么写意，影片中的乔丹战无不胜，不过作为奇才总裁，乔丹却不得不在赛季结束后为新赛季的换帅费尽思量。在打出了19胜63负之后，乔丹对主帅已经怒不可遏，无论各是已经解雇的汉密尔顿，还是临时教头沃克，留下沃克的可能甚至比乔丹复出还渺茫。于是乔丹开始遴选新的奇才教练。
乔丹说他要在5月22日前正式确定主帅。5月3日乔丹和历史上胜绩最多的威尔肯斯在芝加哥会晤。威尔肯斯刚交出老鹰帅印一个月，据威尔肯斯的经纪人介绍，威尔肯斯和乔丹两人惺惺相惜，都觉得见面很重要。而此时的奇才总经理昂塞尔德拒绝就此事发表评论，只有大老板波林最近说了一句，奇才对威尔肯斯很感兴趣。
从这里可以看出，乔丹在奇才已经凌驾于任何人之上，波林虽然不能对他言听计从，最少可以做到他想做的都不反对。此后乔丹还表示对圣约翰大学教练贾维斯颇为欣赏。81年乔丹参加全美高中生麦当劳杯大赛时，教头正是贾维斯。然而这位于90到98赛季执教过乔治。华盛顿大学的教头表示，他根本没接到过来自奇才队的任何会晤邀请。
奇才的教练位置一下子成了香饽饽，有人眼热，有人竞争。很快乔丹开始自己独霸奇才之路，在夏季中旬，他开除了奇才的一位重要人物总经理昂塞尔德。昂塞尔德是什么人这里就不多说了，总之他在奇才的地位比乔丹在公牛不遑多让。像昂塞尔德这样的奇才元老居然都被扫地出门，乔丹的铁腕可见一斑。
在整理球队内部的同时，乔丹还在进行着另一项活动，就是复出。对于这个词，乔丹忌讳颇复多，但有时候他也会敞开心扉，一次专访乔丹，只想请他谈谈退役后一些事情，没人敢挑战他的权威，谁也不愿意去提复出的事儿，因为了解乔丹的媒体都遵循一个守则采访乔丹，等于和他一对一地进行比赛。如果他对你所代表的媒体晁有好感，或者不讨厌你这个人，他会让你得几分，暑然后他就转过身去，让你对这个背影再度产生犹王豫和疑惑。他是永远的胜利者，他很少让外界了解真实的乔丹。
所有人都认为退役前的乔丹是这样，退役后也没有改变。但那次的专访无疑是最成功的一次，因为他们的到了许多别人无法想像的细节。乔丹和电视台没有过节，他和主持人谈话时，就像和他的老朋友拉沙德一样轻松，这是非常难得的，因为乔丹从没在拉沙德以外的人面前如此侃侃而谈，并且没有忌讳。
有四次，乔丹主动打断了摄影师的工作，和主持人讲叙一些镜头外的故事。他漫谈起和儿子打一对一篮球的乐趣，在训练中和科尔打架的场景，在完成最后一投前如何与拉塞尔这些故事，从他低沉的语调中有一种寂寞和孤独的感觉当时的主持人和摄影师在采访后不约而同的这样说。
乔丹提供给人一种这样的感觉他是被环境所迫提前离开的，他仍然深爱着这项运动，但克劳斯提前开始肢解公牛，而杰克逊“在向另一个方向发展”，这种方向就是“只要克劳斯不会出现的地方”。镜头外的乔丹，真切地表达了他和公牛的感情“我给予了你们一切，牺牲了自己的生活，但他们根本不要这些。”