长安城一破，阴世师、骨仪等大臣身首异处，其余活着的不是逃的逃，就是向李渊投诚，年幼的代王身边再无人扶持，只剩一个侍读姚思廉能济不了什么事，自然一切只能任凭李渊摆布。
李渊在抚慰京师后，即可催促太常选择吉日，筹备一系列告高庙、定尊位、立代王等礼仪。
文武将佐见此，就商议，一起向李渊请愿，道：“大隋暴政多年，为天下所厌恶，而唐公乃天命所归，您的恩德为天下人所知并讴歌。回想唐公兵起晋阳，西定关中，不过百余日，就一举拿下了京师，如此神武之速，若非上天选定的天子，又怎能做到？还请唐公依照符谶所示，上尊号，自立为帝，何必便宜了代王那个乳臭未干的小子。”
李渊听后，很不高兴，愀然作色道：“老夫举义兵，本为社稷，社稷有主，我岂能有不二之心？汉高祖不立子婴，所以屈从于项羽。我如今尊奉世嫡，又有什么好担忧的？”
众文武将佐见此，李渊脸色如寒冰，没人再敢劝，连李渊最信任的裴寂也噤声了。
到了吉日，李渊率领百官，备羽仪法物，具法驾，奉代王杨侑为皇帝，即位大兴殿，改元义宁，遥尊江都的杨广为太上皇，同时免掉天下百姓今年的租赋。
过了两日，少帝杨侑拜李渊为大丞相，进封唐王，位在王公之上，又赐了武德殿给李渊作丞相府，命李渊统领要事，什么礼乐征伐、兵马粮仗、官员升降考核等，一并责成由李渊来都督。除了郊祀天地要告知杨侑，其他内外军事均由李渊处置。
李渊自然又是假惺惺一番，坚决辞掉大丞相的高位。于是公卿将佐也配合他的演出，一起请求李渊：“少帝年纪尚轻，需要唐公来主持大局，岂可辞去大丞相之职？摄政公若是不肯出任大丞相，王室还能依靠谁去？还请唐公顾全大局，切不可辞让。”
经过众人一番劝说，李渊这才长叹一声，道：“王家失鹿，遂使狐同老狼。”
铁纲靖不过是一个搬砖工，穿越到古代，就跟一个文盲差不多，对李渊这句话根本没听明白什么意思，只是猜想其中“鹿”跟逐鹿中原的“鹿”是同一只鹿。不过见李渊说了这句话后，不再推辞，奉诏受册，他心想这就是所谓的大智慧吧。
出任大丞相的李渊作为摄政王，开始设官治事，仍用裴寂为长史，刘文静为司马，召前尚书左丞李纲为相府司录，专掌选事，前考功郎中窦威为司录参军，使定礼仪，一面追谥祖父虎为景王，父闼为元王，夫人窦氏为穆妃，又命长子建成为世子，次子世民为京兆尹，并封秦国公，三子李玄霸封为卫国公，四子元吉为齐国公。仍改太原留守爲镇北府，总统山东诸郡。
刘树义仍旧是秦国府的府掾，没有什么升降的区别，因而略微有少许失望。至于一路跟随李世民出征的长孙无忌和侯君集，两人在攻城战中没有什么亮眼的发挥，风头完全被李玄霸、孙华等人盖住，自然也没有得到晋升。尤其是侯君集，杀入长安城后参与抢掠，还差点被处罚了，幸亏李世民求情，才算保住其原来的职位。
第二日，榆林、灵武、五原、平源、安定诸郡，一起举城向李渊投降，并遣使诣义军请命，关中彻底落入李渊掌控之中。
一切布置已定，忽然接报西秦霸王薛举僭称秦帝，遣其子薛仁杲入寇扶风，且谋取长安。
却说扶风郡本来也有一个贼帅唐弼，拥立李弘芝为天子，自称唐王，有部众十万人。见薛举杀来，唐弼占据扶风郡的汧源，将薛举大军拒之城外。
薛举见此，派遣使者招降唐弼，那唐弼耳根软，经过一番威逼利诱后，竟然转身就把李弘芝杀了，大开城门向薛举投降。
可惜投降也没有得到好的报应，薛举父子率兵才进汧源，薛仁杲就发动攻势，对唐弼大军大开杀戒。
唐弼毫无防备，哪里还能组织将士们反抗，只能趁乱带着数百骑兵逃出汧源，直奔扶风郡城，向扶风太守窦琎投降。
但是窦琎一直想剿灭唐弼，见其自投罗网，二话不说将其斩杀。
而薛举得了唐弼的兵马，声势更盛，号称有部众三十余万，准备谋取长安。不过听说大丞相李渊已经占领长安，知其能征善战，手下又是猛将如云，料难以讨到便宜，便转而围攻扶风。
窦琎之前连唐弼都无法剿灭，此刻面对薛举的三十万大军更是无能为力。
而且薛举还有一个令人闻风丧胆的儿子薛仁杲，根据陇西流传的传说，薛仁杲力大无穷，善骑射，在军中号称万人敌，性格残暴凶悍。在薛举起事之初，每次大破敌军，获得的俘虏，薛仁杲必将他们断舌刈鼻，或者剥皮削肉，慢慢折磨至死。
攻下秦州时，薛仁杲抓来富人倒着吊起来，用醋灌鼻，逼富人交出钱财。此人杀人无数，还***女，陇西一带对其是天怒人怨。
薛举也是一个残暴凶猛之人，但对比其儿子薛仁杲，只能算是小巫见大巫。每次见到薛仁杲所作的血腥酷刑，薛举也觉得甚是厌恶，告诫薛仁杲：“你如此虐待天下百姓，终有一日将使我族覆灭！”
窦琎面对如此残暴的薛举父子，连出城应战心思都没有，紧闭城门自守，同时快马加鞭派人向长安求救。
接到求救的消息，李世民立刻向李渊请求出击。李渊此刻初定关中，心想薛举不除，终究是一个隐患，而且西征以来，已经证实了李世民能担大任，做出的很多军事决策已经超越他自己，便欣然答应了李世民的请求。
李世民便带齐“晋阳四公子”，再加上勇猛无敌的李玄霸，另外还有殷开山、丘行恭等大将，直趋扶风。
秦国公讨伐秦帝，两秦相争，谁将胜出？只有李玄霸听闻有个薛仁杲是万人敌，颇为兴奋，磨刀霍霍随时准备打架。
没几日，赶到了扶风境内，正在休整中，遇上那不知死活的薛仁杲来挑衅。李世民也不废话，仗着己方大军西征以来为曾吃过败仗，当即毫不客气地率领大军大刀阔斧地杀过去。
薛仁杲虽然勇猛，但是架不住李玄霸等人的攻击，加上己方军纪混乱，不如李世民大军严谨，才交手不到片刻，己军抵挡不住，只能转身纷纷逃走。薛仁杲不敢相持下去，长槊挡开李玄霸的斧劈，回身拍马便逃，大军也因此瞬间崩溃。
李世民率军大破薛仁杲军，追到垅坻才作罢。