除了铁纲靖，还有一个人为太子、齐王的党羽求情，此人就是尉迟敬德。
他在战场上可说是神挡杀神、佛挡杀佛，杀人从来不曾手软过，此刻竟然为对手动了恻隐之心。想当初太子府对他极为残忍，不仅诬陷他，还给他上了披麻拷刑，如今他反而为太子府的人求情。
他争辩道：“叛乱的元凶是太子、齐王，他俩既已伏诛，倘若再牵连党羽，只怕天下难以安定。”
铁纲靖非常赞同，道：“殿下，尉迟将军说得不错，想那太子早已暗中结纳了不少驻守在外的将领，包括李艺等，若是株连党羽，只怕李艺等内心惶惶，多半会选择造反。如今我们大势初定，若为了各地叛乱疲于奔命，加上道义不站在我们这边，到时恐怕结局难料。”
李世民作为未来的天下雄主，大局观超出常人，经铁纲靖这么一提醒，当即下令，禁止追杀太子、齐王的党羽，并立即以李渊的名义，颁发大赦天下的诏令。对李建成、李元吉所犯的“叛乱之罪”，只追究到太子、齐王，其余党羽一概无罪，不予追究。
虽说对太子府余党不问罪，但李世民对魏征耿耿于怀，提来审问，道：“魏征，你好大的胆子，为何要离间我兄弟，造成我们自相残杀。”
魏征大病未愈，尚处病中，对李世民的责问丝毫不惧，举止自若，坦然对答道：“太子终究是不了解秦王，若是早听从我的建言，先下手为强，就不会有今日之祸了。”
铁纲靖对魏征还是存有好感，又知他是历史上最有名的谏臣，当心其说的话激怒李世民而被杀，立即站出来走到李世民耳旁低声道：“殿下，你需要一面镜子。魏征直言敢谏，将是你最好的镜子。”
原本严肃冷面的李世民忽然转变成亲切的笑容，请魏征坐下后，才道：“魏洗马敢作敢当，又是谋略过人，本王是佩服之至。本王向来爱惜人才，洗马若肯不计前嫌，本王欢迎洗马加入秦王府。”
本来以赴死之心而来的魏征听到李世民要留用自己，心下自然欢喜，道：“多谢秦王厚爱，魏某荣幸之至！”
此前太子不听从他的建议，他已有些后悔当初没有追随铁纲靖加入秦王府。如今太子失败，秦王没有追究他过往的所作所为，反而礼遇他，令他颇为感动，决定誓死效忠秦王。
李世民将魏征引为詹事主簙，还派人去把此前流放的太子府属王珪、韦挺召回，拜为谏议大夫。
大赦天下的诏令一下，加上李世民礼遇太子府僚属，不明真相的天下百姓纷纷咒骂李建成身为太子为了当皇上心急造反，还骂齐王李元吉助纣为虐，一个个转而大肆歌颂李渊和秦王李世民仁义无双。
六月初五，也就是“玄武门之变”的第二天，逃出长安城的冯立看到大赦天下的诏令，又听闻李世民礼遇魏征，放下心来，料想李世民不会当着天下人的面违背诺言，当即回京投降李世民。
李世民听闻薛万彻逃亡终南山，爱惜他是一员猛将，接连派使者前去诏谕，他才相信李世民的诚意，回长安城投降。
李世民对他们在玄武门的抵抗不再介怀，安抚道：“你们当时作为太子府属，所作所为皆是忠于职守，实乃忠义无双的义士，本王心中佩服万分！”
诸事皆已平定，该杀的人也都杀了，该安抚的也安抚了，六月初六日，李世民在太极殿独自一人坐了一天。他坐在大殿中央，看着前方高高在上的皇位，始终没有选择坐上去。他在等待，等李渊下诏禅位。
六月初七日，李渊没有让李世民等太久，下发了诏书，立李世民为皇太子，诏书还说：“自今军国庶事，无论大小悉数委太子处决，然后闻奏。”
意思很明显，大小国事由李世民决断后，再告知李渊一声就可以了。
此诏书一下，李世民虽然还未受禅，但已不啻于在行皇帝之实了。
诏书一下，李世民自是大喜，总算是不用与父皇李渊撕破脸皮。他每日看着太极殿的皇位，怕自己缺乏耐心，有一天会逼迫父皇禅位。如今李渊虽未行禅位之名，但已交出手中权力，实质上等于是禅位。
过了几日，喜登储君之位、掌控天下权力的李世民开始论功行赏，以宇文士及为太子詹事，长孙无忌、杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子，“刘树义”为左卫率，尉迟敬德为右卫率……又将齐王府查抄的金帛什器等分赐给“刘树义”和尉迟敬德。
而天下间有些私心颇重的人开始利用李建成“叛乱”之名进行公报私仇，或者将此作为自己平步青云的踏脚石。
其中益州行台仆射窦轨因与行台尚书韦云起、郭行方有私人恩怨，利用韦云起宗族曾多人效力太子李建成的借口，诬陷韦云起参与李建成“叛乱”，直接命人将韦云起收监斩杀。而郭行方听后，急忙逃亡到京师，才算躲过杀身之祸。
而闹得更大的一起事件是幽州大都督、庐江王李瑗造反，被其部下右领军将军王君廓杀了，传首长安，不过此事件背后另有重大隐情。
庐江王李瑗是李渊从弟，曾与赵郡王李孝恭合讨萧铣，但表现平庸，无功可述。他本是一个怯懦之人，昔日调到洛州任总管时，因刘黑闼来犯，吓得立即弃城西逃。李渊念及他是李姓本支，没有怪罪于他，转而改派他任幽州大都督，又担心他懦弱，不是帅才，派了王君廓辅佐他。
无能的李瑗自此是将王君廓引为心腹，还与他结为姻亲，每次有什么谋划，必然与王君廓商议。
太子李建成因“叛乱”被杀，李世民查得李瑗与李建成暗中来往甚密，便派使者前去幽州召李瑗进京。
胆小的李瑗猜不透李世民用意，担心去了长安会被秋后算账，便请来王君廓商议。