随后赶来的林平之和岳灵珊在这卿卿我我时被一群魔教教众羞辱一番，令狐冲不忍小师妹受辱出手救下二人，并与任我行等人分道扬镳，去少林将定闲二人遗体送回恒山，并接任恒山掌门。
令狐冲在恒山诸尼的建议下，广邀天下英雄观礼他就任恒山掌门，跟方证冲虚商议后，定下在三月十五的嵩山会盟，阻止左冷禅谋夺五岳剑派。却不料被东方不败派来送贺礼的黄面尊者贾布暗算，差点被装有腐蚀毒液的水枪害命于栈桥之上。多亏任盈盈出手相救，在其杀了贾布收服上官云后，令狐冲同她一起汇合任我行向问天，杀上黑木崖围攻东方不败。
却不料东方不败武功乃笑傲江湖世界天花板，令狐冲伙同任我行向问天上官云四人围攻，却仍一个个接连受伤，任盈盈砍伤杨莲亭导致东方不败分心，被几人趁机重伤之，东方不败临死反扑戳瞎任我行一只眼，被恼怒的任我行将其踢向杨莲亭，二人脑袋撞烂做了一对同命鸳鸯。
几个月过去，五岳剑派齐聚嵩山，看热闹的江湖群豪来了几千人。岳灵珊用思过崖洞中的五岳剑派精妙剑招和魔教十长老研究出来破法，连败泰山，衡山二岳，令狐冲为了哄小师妹开心，准备下场假装落败，却不料无意中使出冲灵剑法，二人追忆往昔，不觉将比剑耍成了“剑舞”，林平之场下吃醋冷哼，岳灵珊醒悟后变招，令狐冲弹飞师妹长剑，却想起自己原本打算要败的，只得用身体接住落下的长剑而受伤。
左冷禅亲自下场，败了岳灵珊之后，却被岳不群用话拿捏住，不得不跟他再斗一场。哪知已经修炼了辟邪剑法的岳不群先用毒针刺伤左冷禅，然后使出辟邪剑法却与左冷禅斗了个旗鼓相当，眼看岳不群长剑被挑飞，却突然使出几招怪招，刺瞎了猝不及防的左冷禅双眼。
左冷禅冷静下来后，承认岳不群夺得五岳派掌门一职真实有效。岳不群大致安排了五岳诸派的事务处理负责人，以左冷禅眼睛不方便为由，给他加了两个“助手”。随后率领华山派去了少林暂歇，令狐冲却不想与酷似东方不败的师父碰面，带领恒山诸尼在封禅台歇了下来。
林平之为报灭门之仇，暗约青城派于封禅台了却因果，余沧海只带三人前来赴约，大意之下被林平之一招擒下。林平之本来想杀了余沧海，却被赶来的岳灵珊阻止，言道岳不群有命，余观主远来是客，不可伤他性命。是以林平之只能扇了他两记耳光泄愤。
各派回转途中，林平之却是盯上青城派，如猫戏老鼠一般以其人之道还治其人之身，却因只顾报仇而置妻子危险于不顾，任盈盈不想情郎伤心，出手救下岳灵珊。而岳灵珊却心灰意冷返回少林寻找爹娘时，却被木高峰所擒。
林平之找上木高峰报仇，却不料余沧海眼看门人弟子一个个丧命，竟放下身段与木高峰合伙围攻林平之。木高峰拼死抱住林平之双腿，限制他速度，林平之刺穿木高峰驼背，却被其中的毒液伤了眼睛。林平之拼死挣扎，先后将木余二人杀死，任盈盈上前杀散围攻他的其余青城弟子。
令狐冲放心不下小师妹，遂与任盈盈一同悄悄尾随护送，恒山派诸人自行返回门派。青城派残余弟子追杀岳灵珊和眼睛失明的林平之，却被劳德诺所救，林平之被他说动欲改投左冷禅门下，担心岳不群不放过他，怕岳灵珊泄露竟将其杀害。
令狐冲二人现身，惊走劳德诺和林平之，埋葬小师妹后，隐居于无名山谷养伤。这一日，魔教几位长老趁着宁中则寻找爱女失神之际将其擒下，恰巧来到山谷中，想在此地埋伏擒拿岳不群。令狐冲在一旁听得真切，欲伺机救下师娘，岳不群却追杀任盈盈而来，令狐冲恶斗岳不群勉强胜之，反被岳不群偷袭受伤，四下躲闪之际，令岳不群掉入魔教长老挖的陷阱被擒。
宁中则得知女儿惨死于女婿手中，丈夫却不男不女，万念俱灰，自杀而亡。令狐冲不愿杀了岳不群，任盈盈不愿逆他心思，就偷偷给岳不群喂下三尸脑神丹，放他离开。令狐冲将师娘葬在小师妹旁边，准备将恒山掌门之位传给仪清，解决左冷禅劳德诺林平之几人后，退出江湖，跟任盈盈隐居。
二人回到恒山后，令狐冲发现原来害死定逸定闲二位师太的，却原来是自己的师父岳不群，随后令狐冲更被仪琳亲生母亲逼婚，之后恒山诸尼被岳不群掳走，令狐冲和任盈盈二人上华山救人，却与思过崖山洞发现泰山，衡山，嵩山许多弟子被岳不群骗进山洞学习各家失传剑法，左冷禅却带着林平之和十五个瞎子暗施毒手，挑起混乱，令狐冲废了林平之并将左冷禅十余人全部杀死，出洞时却被岳不群用渔网暗算，危急时刻，仪琳赶到杀了被令狐冲吸住的岳不群，救下二人。随后汇同田伯光在华山各处救出被岳不群囚禁的恒山诸尼
之后任我行率教众到了华山，本想征服五岳剑派，却得知五岳剑派内讧，岳不群，左冷禅两位老对手都死了，莫大先生不知所踪，泰山两位玉字辈也死了，五岳剑派竟只剩了大小猫三两只，顿觉无趣。他答应了令狐冲和任盈盈的婚事，并力邀令狐冲入教任副教主一职。令狐冲却宁死不从，任我行便与之约定时间，欲光明正大打上恒山，引少林武当来援，再将用计谋诛少林，灭武当，最终一统江湖，奈何寿命已尽，突然暴毙。
任盈盈隐瞒自家爹爹的死讯，少林武当得知魔教攻打恒山的消息，果然召集好手来援，方证借口风清扬传授精妙内功，将易筋经传给了令狐冲，治好他异种内力乱窜的病根，并于恒山埋下两万斤火药，届时将与魔教同归于尽。
魔教应约而至，却是将金刚经原本送还少林，真武剑和太极拳经原本送还武当，又将一些衣物送给恒山令狐冲，化干戈为玉帛，免去一场灾难。却是任盈盈假扮他爹讲于令狐冲，被桃谷六仙偷听去告知了众人，这才真相大白。