萩之城里的倭国人除了被叛军杀害和掳走的，也大多都从后门逃走了，从前门逃出来的不过寥寥数百人。
明军把这几百个倭国人驱赶到了一处山谷里之后，便派人守住了谷口，将这处山谷作为临时的战俘营。
随后，一边等候萩之城的大火熄灭，明军也一边开始对那三万降卒战俘开始了甄别分流，先是从中挑选出愿意投降为明军效力的，然后是把那些躲在其中冒充士兵的将领们给揪出来，把不愿意投降的倭军将领给处决掉。
随后便把剩下的这些降卒都给赶入了山谷内的战俘营里，等候朝廷往西伯利亚运送劳力的大船前来接应。
萩之城覆灭之后，藩主毛利秀元便逃去了周防藩的山口城，长门藩和周防藩同属于长州藩，都是毛利家的地盘儿，如今长门藩落入明军之手，毛利秀元也只能逃往周防藩了。
占领了长门藩之后，便断绝了本州岛和九州岛的陆路交通，倭国军队想要去九州岛便只能再走海路了。
虽然本州岛和九州岛之间的海路很近，但是想要运输大量兵力渡海，所需船只还是很多的，就不是那么简单的事情了。
因此，现在明军可以安心回过头来消化整个九州岛了，如今的九州岛上还有筑后藩、丰后藩、肥后藩、日向藩、萨摩藩和大隅藩六个令制国没有被明军打下来，现在也是时候回去收拾他们了。
明军在长门藩的萩之城与倭国大军决战，对于后方已经攻占的区域，也是需要派兵留守的，毕竟九州岛上还有六个令制国没有被明军击败，他们很可能趁机偷袭明军的后方。
不过李邦华所担忧的这个问题，朱天启早就提前想到了，并且也暗中派人去给大隅列岛上的毛文龙下令，让他渡海前去攻打大隅藩、萨摩藩和日向藩，如此一来，这六个令制国则要防备来自南方大隅列岛上的毛文龙，而不敢再派兵离开本藩，去攻打明军后方去了。
只不过朱天启与毛文龙之间的联系自然是不能让李邦华知道的，因此朱天启只是告诉李邦华，不必担忧后方的问题，尽管集结兵力与倭军在萩之城大战便可，倭国南面有个毛文龙，他们不敢轻举妄动。
李邦华是不知道毛文龙在某种程度上也是友军，所以他自然不能完全放下心来，权当皇上这是在安慰自己，但是该设防的地方还是慎重地留下了几支兵马作为防守力量，随后这才率军前去攻打萩之城。
毛文龙的部队就没有明军那么厉害了，装备也没有明军那么精良，都是清一色的新式钢铁炮和燧发枪。
但是毛文龙的部队毕竟参与过收复辽东的战斗，还是获得了一批朝廷拨发的新式装备的，只不过不像李邦华的水师那样，可以达到人手一枪或两人一炮的程度。
可即便如此，依靠着手里的三四千杆燧发枪，五六千杆火绳枪，还有新式钢铁巨炮三百门，新式红夷大炮五百门，新式虎蹲炮一千门，老式各色火炮三千门，跟倭国部队比起来，也算是装备精良了。
所以即便毛文龙的部队与倭军交战做不到向明军那样可以几乎没有伤亡便可将倭军击溃，却也可以将伤亡控制在很小的程度，打得倭军毫无还手之力。
毛文龙毕竟是个穷凶极恶的大海盗，做起事来可就不像明军那样有底线了，一旦击败了倭军，占领了倭国人的地盘儿，便是烧杀抢掠，一片狼藉，所过之处，残骸遍野。
相较而言，明军对于倭国人的处置方案是何等的仁慈，不仅不打不骂，管吃管住，还包分配工作，而且都是世袭罔替的铁饭碗。
毛文龙的部众在九州岛的南半部三个令制国肆虐的同时，明军也开始南下向丰后藩、筑后藩和肥后藩进军了。
筑后藩只有久留米和柳川两城，被明军轻而易举地攻陷了。
肥后藩则相对要大一些，保护天草群岛，共有十几个郡，但是也只有熊本和人吉两座城池，另有高濑和宇土两座阵屋，明军还是稍微费了一些功夫才将肥后藩完全占领的。
东侧的丰后藩虽然地方不大，但是却比起筑后藩和肥后藩来更加富饶强盛一些，光城池就有六座，分别是日出城、杵筑城、府内城、臼杵城、冈之城、佐伯城，另外还有一块儿幕府直属地日田。
但越是因此，明军对丰后藩的攻势便越加迅猛，李邦华特意等去攻打肥后藩和筑后藩的几路明军在丰后藩集结之后，才下令挥师东进，其结果自然是明军一路势如破竹，倭军毫无还击之力，六座城池瞬间便被攻陷，丰后藩转瞬便落入明军之手了。
占领丰后藩之后，明军便已经控制了整个九州岛的北半部分，与在南半部分活动的毛文龙部，即将就要碰头了。
然而就在李邦华和郑芝龙商议，要不要趁机与毛文龙开战，完成之前在济州岛没有完成的，剿灭叛贼毛文龙的计划时，毛文龙部突然全部退出了九州岛，撤回了大隅列岛上。
而毛文龙撤离九州岛的消息，还是从那些自九州岛南半部逃难而来的倭国百姓口中得知的。
随着明军占领的地盘儿越来越大，占领区内的倭国人也越来越多，虽然明军有着明确的《占领区处置方案》，每到一处都对当地倭国人进行集中处置。
但是随着涉及人数增多，几万明军要对上百万的倭国人进行分流处置，自然是力有未逮，心有余而力不足的，加之倭国多山地丛林，也难以保证没有漏网之鱼。
若只是漏了些百姓自然问题不大，只怕明军大举攻占倭国藩郡，难免会有一些倭国人自行组织起反抗军来，在后方对明军搞些敌对破坏行为。
所以朱天启早就给李邦华下令，让他派人在占领区进行安抚宣传工作，这些工作尽量交给投降的倭军士兵组成的“明协军”去办，他们比起明军来，能让倭国人赶到更“亲切”一些，对于倭国的地形和人口情况也更加清楚一些。因此，现在被明军占领的区域内，各郡县和各个村子里，到处都能见到敲锣打鼓，走街串巷的“明协军”，他们时而张贴《安民告示》，时候高喊着：“投降明军，做三好良民，明军有优待！”
这些明协军们同时还大肆向倭国百姓们宣扬，说大明此次征伐倭国，乃是问罪于德川幕府，并非针对倭国百姓，这场战争也是由德川幕府率先挑起的，他们在长崎海域攻打路过的明军舰船，向明军挑衅，他们还纵容萨摩藩入侵大明的藩属国琉球王国……
总之，在明协军的口中，这场战争所有的罪责都在德川幕府的头上，明军自然是绝对正义的存在。
正是因为明军的这些宣传工作做得十分到位，倭国人几乎是没有人敌视明军的，反倒都在怨恨着德川幕府，甚至于一些倍受德川幕府和藩主大名压迫的倭国百姓，对于前来的明军反倒是夹道欢迎。
九州岛南半部的倭国百姓便是个典型的例子，他们遭受到了毛文龙部的入侵之后，简直如同身处人间地狱，故而在他们眼中，九州岛北半部的明军占领区简直就是天堂，所以这些倭国百姓纷纷开始往北边逃去，并且还主动去找明军投降。
对于这些送上门来的倭国人，明军自然是全部接收，但是为了防止有奸细混入其中，还是要进行一定的甄别的，同样需要明协军的倭国人来帮助甄别，他们是能够看出哪些人是普通百姓，哪些人是武士或达官显贵的。
李邦华在得知了毛文龙已经撤离萨摩藩、大隅藩和日向藩之后，便马上派出斥候前去侦查，发现确实已经没有了毛文龙部的踪迹，随后便派出三股部队前往萨摩藩、大隅藩和日向藩，接管了当地。
此时的倭国北部，明军从虾夷岛南下，直攻陆奥藩，随后从本州岛东侧沿岸，一路下陆中藩、陆前藩、磐城藩、常陆藩，直扑武藏藩的江户城而来。
这一路明军虽然只有五万兵马，但却都是辽军精锐，领军的将领乃是一员小将，名叫吴三桂，是奴儿干布政使祖大寿的外甥。
吴三桂虽然今年只有二十四岁，但是作战却异常骁勇，这一次朝廷给祖大寿下令，让他派人从苦兀岛南下攻打倭国，祖大寿也是有心提携自己的外甥吴三桂，便特意把这次的差事交给了他。
吴三桂正是年轻气盛，想要建功立业的时候，高高兴兴地从舅舅那里领了五万辽军，便从苦兀岛出发了。
也是为了表现自己，吴三桂这一路上都是急行军，倭国各地本就兵力空虚，明军来势凶猛，倭国人根本连组织兵马抵抗的机会都没有，故而明军一路势如破竹，长驱直入，短短半个月时间，便打到了武藏藩东侧的下总藩，与江户城之间只隔着一个葛饰郡了。
而就在此时，德川家光率领着十万战败之军终于慌忙赶回了江户，见到江户城依然完好之后，德川家光顿时深深地松了口气。
但是此时的江户城却已经被恐惧的气息所笼罩，东方那五万明军宛若五万只恶鬼一般盯着江户城，随时可以将江户城踏成平地。
倭国的城池可与大明的不同，除了将军或藩主、大名的城池之外，外面都是没有城墙围护的，所以面对大军来袭，更是没有任何反击之力。
江户的百姓们已经有很多人开始西逃了，城中的达官显贵们在得知明军从虾夷岛南下的消息之后，也都开始往外地转移财产，举家搬迁。
幕府中的大臣们虽然为了向将军德川家光表示忠心，表面上都依然稳坐江户城中，但实际上已经按照安排好了搬家的事宜，只等明军杀到之时，便迅速出逃。
德川家光回到幕府之后，也感觉无法安睡，恐惧感始终笼罩在他的心头上，他只好召集他手下的六人众进行商议，接下来到底应该如何是好。
松平信纲和崛田正盛的意见是统一的，必须放弃江户，马上转移到京都去。
而另外四人则表示反对，他们认为，如今既然倭国还有十万兵马，加上江户城中的武士及各家的家臣，怎么也能凑出十五到二十万的兵马来，来袭的明军只有不足五万，若是与之死战的话，未必不能战胜明军，保全江户城。
他们四人之前在对于大明的态度上便是坚定的主战派，如今依然是主战不主逃，倒也算是执著。
而且他们之所以认为可以与明军一战的主要原因，还是因为此次从北方来袭的这部明军与南边的明军不同，他们手中没有巨炮，都是轻装简行的。
他们认为，之前倭军之所以无法战胜明军，主要还是输在了装备上，若是没有了那些威力巨大的火炮，明军也将没有那么可怕了。
德川家光听了他们四人的话，也不禁有些心动了，毕竟现在他除了舍不得丢弃江户城，也确实太需要一场胜利了，自与明军开战之后，倭军这一连串的惨败，已经让德川幕府的颜面扫地，他这个将军的威信也随之荡然无存了。
要知道，德川家光可是刚刚从他父亲德川秀忠手中接过幕府的实权，刚刚亲政的他正是应该树立威信的时候，若是一路这么怂下去，恐怕以后都是无法服众的。
再者就是德川家光对于松平信纲和崛田正盛二人的信任也有所动摇了，之前德川家光可都是听从了松平信纲和崛田正盛他们二人的建议行事的，然而最终倭国却变成了如今这样的局面，这让德川家光不由得开始怀疑起他们二人的智慧来，转而向另外四人靠拢。
松平信纲和崛田正盛也正是因为德川家光对他们的信任产生了动摇，而被另外四人所排挤，德川家光在四人的轮番劝说下，终于下定了决心，要与明军再战一场，他马上按照四人的建议，下令整个江户的武士都要召集家臣备战，并且全城不论男女都要参战，为战斗服务。