珀耳修斯背过身，用雅典娜送的盾牌做镜子，将三个女妖映照出来。但他无法分辨哪一个是美杜莎，三个女妖如同三滴水珠般相似，而他们三个中只有美杜莎是肉身，唯有她能被杀死。就在珀耳修斯犹豫之时，赫耳墨斯将美杜莎指给珀耳修斯看，并让他趁女妖还没醒，赶快杀死他。
珀耳修斯望着光洁的盾牌，对准目标，如鹰一般扑向熟睡的美杜莎。美杜莎满头的毒蛇嗅到敌人的气味，咝咝叫着昂起头。美杜莎在梦中动弹了一下，稍稍睁开眼。就在这千钧一之际，珀耳修斯举起锋利的剑，如一道闪电猛力一击，砍下了美杜莎的头。从她的尸体中喷出一股黑血，洒在岩石上，又飞出海神波塞冬的后代——带血的飞马珀伽索斯以及巨人克律萨俄耳。珀耳修斯捡起美杜莎的头，小心的装进革囊就离开了。这时，美杜莎的两个姐妹——斯忒诺和欧律阿勒惊醒了。她俩看到美杜莎的尸体，鼓起翅膀飞到空中，凶光毕露的四处寻找杀人凶手。珀耳修斯戴着哈德斯的隐身头盔，早已无影无踪。他越过大海，转眼到了利比亚沙滩上空，美杜莎头上的血渗出革囊，大滴大滴地地上，变成了各种毒蛇。从此很多地方都有了毒蛇，毒蛇使利比亚成了沙漠。
珀耳修斯和阿杜拉斯
当珀耳修斯远远离开离戈耳工女妖居住的岛屿，最后飞到阿特拉斯的王国，希望休息一会儿。阿特拉斯是提坦神伊阿珀托斯的儿子、还是普罗米修斯的兄弟。阿特拉斯的土地上有—片富饶美丽的花园，园中的一棵苹果树长满金枝金叶，结着金苹果，这是阿特拉斯最珍爱的宝贝。但女神忒弥斯曾预说，总有一天，金苹果会被宙斯的儿子偷去。这让阿特拉斯非常担心。他便给那花园筑起高高的围墙，又让一条喷火巨龙守卫。而珀耳修斯一到，就向他说明自己是宙斯的儿子，请求在这里休息。但阿特拉斯一听，于是掏出美杜莎的头，背过身，把女妖的级朝阿特拉斯递过去。阿特拉斯顿时变成了一座大山，胡子和头成了枝条蔓延树林，肩膀、手臂和大腿都成了高耸的山岩，脑袋成了直插云天的山峰。阿特拉斯山从此成为整个天宇和星座的支撑者。
珀耳修斯的婚姻
珀耳修斯穿好飞鞋、戴上隐身头盔再次出，不一会儿来到位于埃塞俄比亚的海岸，那里被刻甫斯国王统治。他看见一位美丽的姑娘被捆绑在悬崖上，她的大眼睛不停的流泪。珀耳修斯望着她，心中涌起了强烈的爱。便降落在她身旁，亲切地问是怎么回事儿。远来这姑娘是刻甫斯国王的女儿安德洛墨达。因为她的母亲卡西俄珀亚以自己的美丽而骄傲，认为自己是最漂亮的人。但这话使得海中女神们很生气，便请求海神波塞冬惩罚国王与王后。波塞冬派出一头状如大鱼的海怪从大海深处浮上来，将刻甫斯土地上的一切都吃掉。而祭祀告诉刻甫斯，要想拯救国家，必须把女儿安德洛墨达送给海怪撕食。
因此百姓逼迫国王将安德洛墨达锁到海边的悬崖。尽管安德洛墨达满怀恐惧，也只得戴着沉重的镣铐站在悬崖脚下，绝望的等待海怪撕食。她还未述说完，滚滚海浪排山倒海而来，一个海怪从波涛中冒了出来。海怪张开巨大的嘴，吓得安德洛墨达大叫起来。国王刻甫斯和王后卡西俄珀亚也赶到了。他们悲痛欲绝，搂着女儿疯般痛哭。
看到这副景，宙斯子子珀耳修斯开口说道：
“你们要淌眼泪，以后有的是时间，眼下必须赶快把你们女儿救出来。我是宙斯之子，珀耳修斯杀死了戈耳工女妖美杜莎。你们的女儿如果能挑选，一定会答应嫁给我！我现在向她求婚，如果你们答应，我便救她。”
国王和王后不但答应将女儿嫁给他，甚至许诺，将整个王国送给他作嫁妆。
此时海怪已经近在咫尺。它如同一艘大船，飞速前进。珀耳修斯高高地飞入云端。海怪凶猛地扑向英雄投在海面的影子。珀耳修斯果断地从高空俯冲向，用那把曾杀死美杜莎的弯剑深深刺入海怪的脊背，直没剑柄。海怪疼的在海上四处狂奔，不断潜入海底，又浮上海面。他张开血盆大口向珀耳修斯扑去，珀耳修斯的飞鞋带着他海鸥一样敏捷地在空中躲避。他一剑又一剑刺向海怪，直到海怪口里不断涌出鲜血和海水，喷湿了英雄鞋子上的翅膀被血水，他只得勉强在空中飞，于是赶紧飞到海面一块突起的岩石上，左手抱住岩石，右手挥剑，在海怪宽阔的胸部上深深地剌了三剑，终于结束了这场惊心动魄的搏斗，海怪的尸体被海水冲走。大家都在海岸上欢呼，赞颂伟大的英雄。珀耳修斯解除了安德洛墨达身上的锁链，带着未婚妻回到刻甫斯的王宫。