赫拉克勒斯继续前进，到了埃及的尼罗河边。赫拉克勒斯因为长途跋涉感到疲乏不已，在河边一片小树林中睡着了。没想到埃及国王波西里斯绑了起来。波西里斯是波塞冬和吕西阿那萨的儿子，这时埃及连续九年干旱歉收，一位塞浦路斯祭祀佛拉西俄斯说，如果波西里斯每年都向宙斯敬献一个外乡人，干旱就会停止。于是波西里斯将这位祭祀当成了第一个祭品。此后，这位暴君把所有来到埃及的外乡人都当做祭品杀死。就在赫拉克勒斯被拉到祭坛旁准备献祭时，他挣断了身上的绳索，将祭坛边的波西里斯连同他的儿子安菲达玛斯打死。残暴的国王终于得到了应有的惩罚。
接下来的路上赫拉克勒斯又遇到许多艰难险阻，并且拯救了被锁在高加索山岩壁上的普罗米修斯，这位伟大的泰坦神告诉赫拉克勒斯，应该请去找肩扛天宇的提坦神阿特拉斯帮他去拿金苹果。于是赫拉克勒斯来到阿特拉斯立身的大地的尽头，一看到这位在宽阔的双肩上扛着整个天宇的提坦神时就惊呆了。
赫拉克勒斯对阿特拉斯述说了自己的任务，阿特拉斯答应给他三个金苹果，但要求赫拉克勒斯在他去取苹果的时候，必须替我扛起天宇。”
赫拉克勒斯同意了，于是代替了阿特拉斯，将那沉重得令人喘不过气来的天宇扛到肩上。天宇沉重的压弯了他的腰，他身上的肌肉像—座座山那样暴突出来，汗水不断地滴下来，湿透全身，但他凭借超人的神力以及女神雅典娜的帮助，一直扛着天宇等到阿特拉斯将三个金苹果带回来。
但是阿特拉斯不想再扛天宇了，于是对赫拉克勒斯说，要替他把苹果送到迈锡尼，让赫拉克勒斯扛着天宇等他回来后我再换。
赫拉克勒斯看出阿特拉斯的想永远逃避本应承担的艰苦劳动，于是想了个计策。
“好啊，阿特拉斯，我等着你，”赫拉克勒斯建议答应。“只是你得先让我去找一个软垫垫在肩上，不然，天宇会把我的肩膀压坏的。”
阿特拉斯于是站会原来的位置，再次扛起沉重的天宇。赫拉克勒斯迅速捡起自己的弓和箭筒，提着大木棒，拿着金苹果，回欧律斯透斯那里去了。为奖励赫拉克勒斯，欧律斯透斯把苹果给了他，而赫拉克勒斯非常感谢雅典娜一直保护着自己又把金苹果送给了她。雅典娜把金苹果送回了原本的地方，令它们留在赫斯珀里得斯姐妹的果园里。
赫拉克勒斯的第十二件功绩圆满完成，再也用不着为欧律斯透斯效劳了，恢复了自由的他返回有七座城门的忒拜。但是仍有新的任务等待他完成。因为他曾亲手杀死自己的儿子，因此无法面对妻子墨伽拉，于是伊俄拉俄斯娶了墨伽拉，赫拉克勒斯去了提任斯。
但是女神赫拉没有放过他，赫拉克勒斯还会经受许多磨难。
赫拉克勒斯与欧律托斯
赫拉克勒斯小时候，曾跟随俄卡利亚国王欧律托斯学习弓箭。欧律托斯的箭术老师是阿波罗，因此他箭术超群，声震希腊。这位国王曾在全希腊宣告，如果谁的箭术胜过他，就可以娶他美丽的女儿伊俄勒为妻。赫拉克勒斯闻讯，急忙赶往俄卡利亚城参加比赛，并且轻而易举地取得了胜利。但是国王欧律托斯毁了约，认为这位伟大的英雄是欧律斯透斯的奴隶，绝不把女儿嫁给这样的人。尽管他的大儿子伊菲托斯——赫拉克勒斯的朋友，一再劝说，欧律托斯还是将赫拉克勒斯赶出了王宫。赫拉克勒斯满腹悲伤，对侮辱自己的欧律托斯也充满了仇恨，独自回到离开优卑亚岛，回到了提任斯。
后来有一天，欧律托斯的牛群被赫耳墨斯的儿子、奥德修斯的外祖父，同时也是希腊最奸诈狡猾的奥托吕科斯偷走了。但是欧律托斯把这个罪名怪罪到赫拉克勒斯身上，认为他是要报复从前所受的侮辱。伊菲托斯不相信伟大的赫拉克勒斯会偷窃，他决定去寻找牛群，以证明赫拉克勒斯的清白。伊菲托斯找到赫拉克勒斯，与他一同寻找牛群。而正当他们俩在建在高峻的山岩顶上的提任斯城堡的高高的城墙上，赫拉克勒斯突然想起曾遭受的侮辱，难以抑制的怒火控制了他，他再也无法克制，将伊菲托斯从城堡的高墙上推了下去，将伊菲托斯摔得粉身碎骨。宙斯对赫拉克勒斯失手犯下的杀人罪激怒了，因为他破坏了友谊的神圣。为了惩罚自己的儿子，宙斯让赫拉克勒斯得了重病。