但这时候，克吕泰涅斯特拉已经从阿喀琉斯那里知道让伊菲革涅亚和阿喀琉斯订婚是子虚乌有的，就在这时，阿伽门农第二次派往迈锡尼报信的信使来了，将一切都告诉了克吕泰涅斯特拉。那个于是就质问阿伽门农。克吕泰涅斯特拉又惊又怕，她不愿就这样失去女儿。她跪倒在阿喀琉斯面前号啕大哭试图，抱住阿喀琉斯的两膝，苦苦哀求。请他看在母亲忒提斯的面上救救伊菲革涅亚。克吕泰涅斯特拉如此绝望的悲伤，令阿喀琉斯心生同，他以能预知未来的老海神涅柔斯之名誓，一定会帮助她，不让任何人碰伊菲革涅亚一根毫毛。于是阿喀琉斯从阿伽门农的营帐匆匆离开，回去武装自己。等到阿伽门农回来，克吕泰涅斯特拉就愤怒质问他为何脸自己的亲生女儿也要坑害。
阿伽门农无可辩解，只好将要用亲生女儿献祭女神阿耳忒弥斯的事说了出来，着并非是他的本意，实在是迫于无奈。阿伽门农只能劝说妻子，如果他不答应这个要求，就会激怒希腊人，到时他和他的所有亲人都会被杀死，牺牲伊菲革涅亚是为了整个希腊的利益着想。
而此时，军营中出现了骚动。阿喀琉斯已经宣布，绝不允许把准备做他妻子的姑娘当成祭品献祭。但是密耳弥多涅人愤怒的几乎用石块将他砸死。奥德修斯手下的士兵也手持兵器向阿伽门农的帐篷冲来。阿喀琉斯守在帐篷门口，一手握利剑，另一手执盾牌，正准备为保护伊菲革涅亚浴血奋战。
就在一场血腥的厮杀即将开始时，伊菲革涅亚做了出来。她制止了骚乱，大声宣布，为了这项伟大的事业，她愿意牺牲自己。她不能违背伟大的宙斯之女阿耳忒弥斯的意志。就将她献祭好了，待希腊人攻破特洛伊城后，就将特洛伊的废墟作为她永恒的纪念碑。她向阿喀琉斯劝说，不要再保护她，不要产生内讧和火并。伊菲革涅亚这种为了整体利益毅然决定自我牺牲的精神使得阿喀琉斯心中燃起了对她的熊熊爱火，但尽管他爱怜这位美丽的姑娘，却也只能服从她的意愿。
美丽端庄的伊菲革涅亚泰然自若地穿过多不胜数的士兵，超女神阿耳忒弥斯的祭台走去。阿伽门农看着年少貌美的女儿，禁不住失声痛苦，他将宽大的斗篷撩起来，遮住自己的眼睛，以免亲眼看着女儿受死。伊菲革涅亚镇定地在祭台旁站立。在场所有的人都在传令官塔尔堤比俄斯的命令下，保持绝对的肃穆。卡尔卡斯拔出祭祀用的刀，正准备举刀向伊菲革涅亚刺去之时，刀尖刚刚触及姑娘的身体，就出现了一个惊人的奇迹：伊菲革涅亚并没有呻吟着到在祭台上，女神阿耳忒弥斯把她带走了，一头垂死挣扎的赤牝鹿代他出现在祭台边，赤牝鹿被卡尔卡斯宰杀了，他的血染红了祭坛。所有将士都为奇迹所震惊，异口同声地高声呼喊起来。祭祀卡尔卡斯欢乐地高声呼唤：
“伟大的雷神宙斯之女阿耳忒弥斯！这就是她需要的祭品！希腊的将士们，你们欢呼吧，女神将会赐予我们航行一帆风顺，并且战胜特洛伊人。”
果然，赤牝鹿还未完全在祭台上焚化，风向就变成了顺风。希腊人急忙着手准备远征。整个军营笼罩在一片欢腾的气氛中。阿伽门农匆匆回到自己的营帐，对克吕泰涅斯特拉述说了祭台边生的事，让她赶快回到迈锡尼。
伊菲革涅亚被女神阿耳忒弥斯从祭台上带走以后，就把她送到了攸克辛海岸，那遥远的陶里斯去了。伊菲革涅亚从此成为了女神的女祭司。
希腊人远航特洛伊
这一次希腊人远征特洛伊的旅途十分顺利。海面上的顺风推着船队劈波斩浪的飞速前进。雷姆诺斯岛海岸已经隐约可见，而就在距雷姆诺斯岛不远的地方，有一座叫克律塞的小岛。小岛的庇护者、神女克律塞的祭坛就建在这座荒凉的小岛上。希腊人曾听到过这样的预：只有途中停靠在克律塞岛上岛献祭，他们才能成功的攻下特洛伊城。因此他们必须找到这个祭坛，然后在祭坛上向女神献祭，这个小岛的祭坛还是从前伟大的英雄伊阿宋率领着阿耳戈船英雄到科尔喀斯夺取金羊毛期间由伊阿宋建造的。宙斯的伟大儿子赫拉克勒斯因为受辱要报复拉俄墨冬，准备远征特洛伊的时候，也是在这个祭坛上献祭了。赫拉克勒斯的朋友菲罗克忒忒斯对这座祭坛的位置很了解，他自告奋勇将诸位英雄带去祭坛。于是英雄们的各路领跟随菲罗克忒忒斯一起去了。这个小岛荒无人烟，低矮的灌木丛四处蔓延。不一会儿，他们就看见了早已半瘫塌的祭坛。就在诸位英雄们向祭坛走去的时候，灌木丛中突然爬出了一条又粗又长的毒蛇，它是在这个祭坛的守卫，它狠狠咬了菲罗克忒忒斯的脚一口。菲罗克忒忒斯大叫一声，倒在地上。等英雄们跑到他身边时，蛇毒早已侵入体内。菲罗克忒忒斯难忍剧疼，日夜不停地呻吟。脓血不断从伤口中涌出，它他的伤口中散出阵阵恶臭，四周的空气被污染得臭不可闻。希腊将士不得安宁，大家纷纷抱怨。最后，希腊军队的领们决定采纳奥德修斯的建议，将赫拉克勒斯这位不幸的朋友随便扔到某个海岸上。于是就在船队途经雷姆诺斯岛的时候，希腊军队的各位领下令将处在昏睡中的菲罗克忒忒斯抬到雷姆诺斯岛那荒凉的海岸边。他们将菲罗克忒忒斯安置在山岩间，把他的弓箭以及衣物、食品摆到他身边。他们就这样抛弃了这位英雄，但因为缺少了这位英雄的弓箭，希腊军队就无法攻破特洛伊城。足足过了九年，希腊人才不得不来到岛上找到菲罗克忒忒斯，向他寻求帮助，同时也结束了他在这荒凉的海岸上经受的苦难。但那已经是特洛伊战争进行到第十年的时候了。