（一）“光禄勋”设中郎将（五官中郎将，左中郎将，右中郎将，虎贲中郎将，羽林中郎将。东汉末还有东、北、西、南中郎将）。
（二）“少府”设尚书令一人（秩千石）、尚书仆射一人（秩六百石）、尚书6人（秩六百石）。“尚书”在西汉成帝时，初分四曹：常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹（一说五曹，多一个三公曹），东汉初分为六曹：改常侍曹为吏曹，又把主客曹分为“南主客曹”与“北主客曹”。“尚书”又设左右丞2人（秩四百石），《后汉书?百官三》载：“掌录文书期会，左丞主吏民章报及驺伯史。右丞假署印绶，及纸笔墨诸财用库藏”；侍郎36人，每曹6人（秩四百石），掌作文书起草；令史18人，每曹3人（秩二百石），后增剧曹3人，合为21人。可见尚书组织之庞大。
从表面上看，东汉的中央职权，似乎是三公、九卿在行使，其实并不如此，实际的权力掌握在尚书台手中，所谓“三公”只不过是充当傀儡而已，虽然他们分管了九卿，但都不能发号施令。《后汉书?仲长统传?法诫篇》说：光武皇帝，愠数世之失权，忿强臣之窃命，矫枉过直，政不任下，虽置三公，政归台阁（即尚书台），自此以来，三公之职，备员而已。
东汉中央官制与西汉官制最突出的区别，就在于尚书台的组织。尚书之官称创始于秦代。不过在秦时，所谓尚书，只是少府的属吏，其任务仅仅主管在朝中传达诏令，当时皆以文人为之，至汉武帝改尚书为中书，以宦官任之。成帝时，再恢复尚书旧名，尚书的由来虽然已久，但至西汉末，在中央政府中并不重要，只不过是宫廷收发而已，地位极低。至东汉光武帝，为了推行绝对的独裁政治，对于自己钦命的三公，也不信任，把国家的大权全部集中到自己手中。为了处理政务，那些侍从左右的尚书，便是他最好的助手。自此以后，尚书的权威日益高涨。《通考?职官考》云：至后汉，则（尚书）为优重，出纳王命，敷奏万机，盖政令之所由宣，选举之所由定，罪赏之所由正，斯乃文昌天府，众务渊薮，内外所折衷，远近所禀仰。非常清楚，所谓尚书台，就是皇帝宫廷的办公厅。这是实现中央集权政治一种必要的政治机构。因而宫廷的办公室就取代了中央政府，而皇帝的侍从也就一跃而居于三公之上。于是，尚书就由事务官变为政务官了。因为尚书事权极重，所以当时称之为“政归台阁”。所谓“台阁”，就是指宫廷办事处的意思。尚书台的组织系统如下
比公者四：第一大将军，次骠骑将军，次车骑将军，次卫将军，又有前后左右将军。
大将军位在三公之上，骠骑将军、车骑将军、卫将军在三公之下。前、后、左、右将军，位在上卿之下，不常置，东汉中期以后，太后临朝称制，外戚执政，常假借兵权以自重。于是，大将军便成为中央的主要官员了，并与太傅三公合称为五府。《通考?职官考》云：
自安帝，政理衰缺，始以嫡舅耿宝为大将军，常在帝都。顺帝即位，又以皇后父、兄弟相继为大将军，如三公，汉末犹在三公上。梁冀、窦武、何进皆以大将军录尚书事，**朝政。将军下设长史、司马各1人，皆千石，从事中郎2人，六百石，职参谋政。此外，又有掾属29人，令史及御属31人，均在府中供职。将军领兵的，都有部曲。大将军营五部，每部校尉1人，比千石，掌领兵，是统率营部或某一兵种的武官。军司马1人，比千石，主兵。部下有曲，曲有军侯1人，比六百石，掌监军。曲下有屯，有屯长1人，比二百石。凡不设置校尉部的，但置军司马1人。又有假司马、假侯，都是副贰之职。所属兵员多少无定额。其余杂号将军，有事则置，因事命号，事已则罢。也有部曲、司马、军侯以领兵，也有掾、史分掌兵器与营务。明帝永平八年（公元65年）复置度辽将军，以护南单于，因其内部时有不稳，遂为常设将军。灵帝时设“西园八校尉”防守京都洛阳，以宦官负主要责任，开宦官统兵之恶例。东汉政府对于少数民族，也设有多种专官，如“使匈奴中郎将”、“护乌桓校尉”、“护羌校尉”等。
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东汉的地方官，仍沿袭西汉旧制，分封王、侯与州、郡、县双轨并置。
一、州（郡）官
东汉划天下为十二州，每州置刺史1人，其首都所属之州，设司隶校尉1人。《后汉书?百官志》云：
外十二州，每州刺史一人，六百石……成帝更为州牧，秩二千石。建武十八年（公元42年），复为刺史，十二人，各主一州，其一州属司隶校尉。
东汉地方官之权力比西汉要大得多，例如司隶校尉，不仅部领三辅、三河、弘农七郡，主察举非法，而且“无所不纠，唯不察三公”。顺帝时，中常侍王甫、曹节弄权，太尉段颎谗附佞幸。当时阳球为司隶校尉，奏请收执王甫和段颎，送洛阳狱，阳球亲自拷问。王甫父子皆死杖下，段颎自杀。李膺当司隶校尉，中常侍张让之弟张朔为野王县令，贪残无道，枉杀孕妇，闻膺到任，藏于张让住宅合柱中，李膺亲率从事破柱取朔，即杀之于洛阳狱。当此之时，诸黄门常侍休沐（假日），不敢擅出宫。桓帝问其故，皆说怕李校尉。司隶校尉能出席中央的“廷议”，并且他的坐位在九卿之上。《后汉书?宣秉传》云：
光武特诏御史中丞（宣秉）与司隶校尉、尚书令会同并专席而坐，故京师号曰“三独坐”。
司隶校尉属吏有从事史12人；都官从事，主察举百官犯法；功曹从事，主州部选署官吏及一应事务；别驾从事，凡校尉巡察州部时，则奉引，并录众事；簿曹从事，主财谷簿书。如有军事，则置兵曹从事，掌兵事。此外，还有郡国从事，每郡国各1人，主督促文书，察举非法。皆由州自行辟除，通为百石。又有假左25人，主簿录阁下事，省文书。门亭长掌州正门。门功曹书佐掌选用。《孝经》师主监试经。《月令》师主时节祠祀。律令师主平法律。簿曹书佐主簿书。每郡国各有典郡书佐1人，各主一郡文书，以郡吏补用，每年换一次。
司隶校尉所部之外的十二州，建武十八年（公元42年）改州牧为刺史。刺史常以每年八月巡察所部郡国，录囚徒，课殿最。西汉的刺史，本是中央派遣的一种视察官，他们的任务是周行郡国，刺探政情，年终回京复奏，原非固定的行政官吏。但到东汉时，刺史已有一定的治所和自己的衙门，每年遣吏向司徒府汇报。西汉旧制，州牧奏二千石长吏不称职者，皆先下三公，三公遣掾史案验，然后黜退。东汉光武不任三公，权归刺史，有所劾奏，便加黜退，刺史权威愈重。其属吏皆有从事史，假佐，人员与司隶略同，但无都官从事，以功曹从事为治中从事。灵帝中平五年（公元188年），又改刺史为州牧。自此以后，刺史就由中央派遣的视察官，一变而为地方行政官。东汉的地方行政，也由郡县的二级制，一变而为州、郡、县三级制了。
二、郡国官
东汉有郡国105个，除司隶所部七郡外，有王国27个，列郡71个。其中豫州部郡国6，冀州部9，兖州部8，徐州部5，并州部9，幽州部11，青州部6，荆州部7，扬州部6，益州部12，凉州部12，交州部9。
《后汉书?百官五》云：
皇子封王，其郡为国，每置傅一人，相一人，皆二千石……相如太守，有长史，如郡丞。
还有中尉1人，皆二千石，职如郡都尉，主盗贼，郎中令1人，仆1人，皆千石。郎中令是掌王、大夫及郎中等宿卫官，还有仆1人，仆主车及驭。又有治书，六百石，如尚书。谒者，四百石，随王所使。又有礼乐长、卫士长、医工长、永苍长、祠祀长，皆比四百石。《百官志》又云：“列侯所食县为侯国……功大者食县，小者食乡、亭。”侯国置相1人，如县令长，不臣于侯，但须纳租于侯，以户数为限。食封千户以上者，置家丞、庶子各1人，不满千户者，不置家丞。县侯、乡侯、亭侯之封，为东汉所创设，但东汉侯王不过徒拥虚号，权力已远远不如西汉了。其所属封国的政治，皆由中央所派之傅相主持，而所谓王侯傅相其实就是中央派遣的地方官。
列郡，每郡置太守1人，二千石。因东汉建都洛阳，河南郡为京畿所在地，故称河南尹。其地位高于太守。河南尹奉朝请如九卿，秩中二千石。每郡置丞1人，掌治民，郡在边地的，又有长史1人，掌兵马，皆六百石。又有郡司马，在长史之下（都尉下也有司马，二者不可混同）。王国之相、列卿太守皆掌治民，进贤能，除奸猾，春行所属县，劝民农桑，赈救贫乏。秋冬遣文无害吏（公平正直，无所枉害），审讯囚犯，使罪当其法，无所冤滥。对属官课其殿最。西汉有郡都尉，比二千石，治郡兵，备盗贼，据《后汉书?百官志》载：“建武六年（公元30年），省诸郡都尉，并职太守。”东汉以郡都尉并于太守，可见东汉太守不仅听郡政，并且典郡兵了。所以东汉的太守又称“郡将”。但在边郡往往置都尉或属国都尉，且有分县，掌治其民，比于小郡。如和帝永元元年（公元89年），置西河，上郡属国都尉。十五年（公元105年）又置辽东西部都尉。安帝以西羌数犯三辅，复置右扶风都尉、京兆虎牙都尉。
郡太守置诸曹掾、史。有功曹史，主选署功劳（即掌任用迁转与记录功过）；有五官掾署，理功曹及诸曹事；有五部督邮书掾，以监督所属各县；有门亭长1人，主府门；有主记室史，主录事和发出通知。阁下和诸曹各有书佐、干，主文书。
三、县邑道官
郡国之下为县，皇后、公主食邑为邑，在少数民族聚居之地为道（“道”在西汉已有）。大县置令1人，千石，其次置长，四百石，小者置长，三百石。侯国的相，其官阶如县令或县长，皆掌治其民，劝善惩恶，理讼狱，禁盗贼。秋冬各计其户口垦田、钱谷出入、盗贼多少，然后向所属的郡国汇报。在县令、长之下，置县丞1人；县尉，大县2人，小县1人。丞主文书，典管仓狱，尉主盗贼，秩四百石至二百石，是为长吏。百石以下，有斗食佐史之秩，是为少吏。诸曹掾、史，大致如郡掾。皆有主簿、功曹、狱掾，有县三老，掌教化。
县以下为乡，大率十里为乡。乡置有秩、啬夫、三老游徼。凡大乡，由郡任命有秩1人，秩百石。小乡，由县任命啬夫1人。皆主一乡之事，了解民间善恶，定其徭役先后。了解民间贫富，定其赋税多少。三老掌教化，凡忠孝节义，足为法式者，皆旌表其门，以倡导从善去恶。游徼掌巡察，禁止奸盗。又有乡佐，主收赋税。
乡之下为亭，亭置亭长，主求捕盗贼。尉、游徼、亭长皆习五兵，即弓弩、戟、楯、刀剑、甲铠。
亭之下为里，里置里魁，掌一里百家。里之下为什，什有什长，主十家事。什之下有伍，伍有伍长，主五家以相检察；民有善恶，以告监官。伍之下就是最基层的人民群众。
边郡有障塞尉，守卫边塞，以防外敌侵犯。近塞县皆置尉，百里1人，士史、尉史各2人，巡行边塞。
凡县出盐多的，置盐官，主收盐税。出铁多者，置铁官，主鼓铸，手工业者多的，置工官，主工税，有水池渔利多者，置水官，主平水收鱼税。随事置吏，不在县吏名额之内。
总之，东汉官制的特点是：（一）中央集权加强，从“尚书台”之组织可以看出；（二）地方形成州、郡、县三级之制，以强化对各级地方的控制。但由于“州牧”事权过重，形成东汉末年军阀割据的局面；（三）重视少数民族的事务，设专官以统治少数民族地区。这不但对
少数民族地区加强了控制，而且对发展边区也起了一定的作用。
文臣官职
【一品】
丞相：可分设左右
三公：大司马(太尉)、(大)司徒、(大)司空
【二品】(九卿)
卫尉太常太仆
廷尉宗正少府
光禄勋大司农大鸿胪
【三品】
侍郎(尚书郎)
侍中中书令
大尚书大长秋
执金吾京北尹
右扶风左冯翊
【四品】(九卿辅官)
卫尉丞
太常丞
太仆丞
廷尉丞
宗正丞
少府丞
光禄勋丞
大司农丞
大鸿胪丞
【五品】
御史大夫
御史中丞
丞相主薄
丞相长史
光禄大夫
中散大夫
谏议大夫
礼官大夫
黄门侍郎
从事中郎
【六品】
议郎
郡史
赞飨
食监
祭酒
御史员
右都侯
左都侯
左仆射
右仆射
【七品】(五史五掾)
左长史
右长史
侍御史
丞相史
廷尉史
[从]
五官掾
东曹掾
西曹掾
文学掾
太常掾
【八品】(十辅丞)
太史丞
太乐丞
太祝丞
太卜丞
太医丞
[从]
中书丞
符节丞
尚书丞
明堂丞
灵台丞
【九品】
县尉
县丞
县史
县长
县令
钟官
导官
主事
御府
尚方
[从]
议曹,主谋议事
辞曹,主评讼事
奏曹,主章奏事
决曹,主罪法事
集曹,主簿计事
户曹,主民户祭祀农桑事
法曹,主邮驿科程事
仓曹,主仓谷事
金曹,主钱币盐铁事
侍曹,主通报事
※文臣除一品4(5)位、九品20位外，四品以上9位，以下10位
武将官职
【一品】
大将军
大都督
[从]
左都督
右都督
卫将军
【二品】
骠骑大将军
车骑大将军
中军大将军
抚军大将军
[从]
辅国将军
镇国将军
辅军将军
镇军将军
【三品】
前将军
左将军
右将军
后将军
【四品】
征东将军
征南将军
征西将军
征北将军
[从]
镇东将军
镇北将军
镇南将军
镇西将军
【五品】
安南将军
安东将军
安北将军
安西将军
[从]
平东将军
平南将军
平北将军
平西将军
【六品】
军师将军：掌军国选举及刑狱法制决断。荀攸、朱然、诸葛亮曾为。
领军将军（领军、中领军）：高级将军名号。主五校、中垒、武卫三营，并掌禁兵。
护军将军（护军、中护军）：高级将军名号。与领军同时置，掌禁兵。
都护将军（都护）：高级将军名号，乃统率诸将之官。
骁骑将军：高级将军名，秦朗曾任此职。
越骑将军：高级将军名号，曹彰曾行此职。
[从]
伏波将军：杂号将军之一。夏侯敦曾任此职
厉锋将军：杂号将军之一。曹洪曾任此职
武卫将军：杂号将军之一。许褚曾任此职
荡寇将军：杂号将军之一。张辽曾任此职
讨寇将军：杂号将军之一。王平曾任此职
灭寇将军：杂号将军之一。丁奉曾任此职
游击将军：杂号将军之一。乐进曾任此职
扬武将军：杂号将军之一。满宠曾任此职
立义将军：杂号将军之一。庞德曾任此职
秉忠将军：杂号将军之一。孙乾曾任此职
翊军将军：杂号将军之一。赵云曾任此职
镇远将军：杂号将军之一。魏延曾任此职
奉义将军：杂号将军之一。姜维曾任此职
横江将军：杂号将军之一。鲁肃曾任此职
威烈将军：杂号将军之一。韩当曾任此职
讨逆将军：杂号将军之一。孙策曾任此职
征虏将军：杂号将军之一。张飞曾任此职
讨虏将军：杂号将军之一。黄忠曾任此职
扬威将军：杂号将军之一。臧霸曾任此职
【七品】
羽林郎将
立武郎将
立节郎将
绥南郎将
五官郎将
左中郎将
右中郎将
虎贲郎将
[从]
偏将军
裨将军
门下督将帅府属官。
帐下督
军祭酒即军师祭酒。
【八品】(汉武八校尉)
长水校尉掌长水宣曲胡骑。
屯骑校尉掌屯骑。
越骑校尉掌越骑。
步兵校尉掌上林苑门屯兵。
射声校尉掌待诏射声士。
中垒校尉掌中垒。
胡骑校尉掌池阳胡骑。
虎贲校尉掌轻车。
[从](西园八校尉)
典军校尉
上军校尉
中军校尉
下军校尉
左军校尉
右军校尉
助军左校尉
助军右校尉
【九品】
谒者仆射(大谒者)：谒者之长
宾赞谒者：主宾赞受事
监冶谒者：掌管冶铁的专官
郎中谒者：郎中令属官
中宫谒者：大长秋属官
给事谒者：少府属官
通事谒者：使者
中书谒者：掌引见臣下，传达使命
持书谒者：侍御史辅官
持节谒者：掌符节
[从]
都尉：总领佐守典武职甲卒
郡尉：掌佐守典武职甲卒
散骑
黄门：司农属官
武库：执金吾属官
洗马：即太子洗马。太子属官
督邮：掌管督察纠举、宣达教令、讼狱捕亡等事
若卢：主藏兵器
卫士：主警卫