1939年5月，中苏签订《中苏通商条约》；7月26日，美国废除《美日通商航海条约》；8月23日，德苏缔结互不侵犯条约。9月1日，德军进攻波兰，第二次世界大战爆发；英、法于9月3日，对德宣战。9月19日，美国在东京公开表示坚决反对“东亚新秩序”。
10月29日，蒋介石在南岳军事会议讲话说：“我国的抗战局势，已临到胜利的一个大转机，国际外交形势，也随着一天天好转，”“足以助成我国抗战的胜利”。“我们今后的战略运用，要开始反守为攻，转静为动，积极采取攻势。”
时至1941年初，世界形势继续酝酿着巨大的变化，日本乘英美忙于应付欧洲战争之机，积极谋求南进，与英美之间矛盾日益尖锐。美国希望利用中国抗战拖住和消耗日本，因而加强了对华援助。日本强烈感到它发动的远东战争，实际上是以中苏美英为对象的，解决中国问题必须和解决苏美英问题综合考虑，作长期打算。因此，日军参谋本部制定了《大东亚长期作战指导纲要》和《对华长期作战指导计划》。这两个文件于1941年1月16日由大本营会议通过，并在御前会议上获得天皇批准。
在《对华长期作战指导计划》中，日军大本营指出：“对华作战以维持治安及占据地区肃正为主要目的，不再进行大规模进攻作战。如果需要，可以进行短时期的、以切断为目的的奇袭作战，但以不扩大占领区和返回原驻地为原则。”“准备在1941年夏秋时期，发挥综合战力，给敌人以重大压力，力求解决事变。”
1941年3月1日，畑俊六接替西尾寿造的“中国派遣军”总司令官，确定在夏秋以第11军为主力实施长沙作战，并积极进行准备。日本为解决进行与英美作战的后顾之忧，1941年4月13日签订了《苏日中立条约》；6月22日苏德战争爆发，侵略野心膨胀的日本帝国主义，7月2日又在御前会议上决定秘密进行对苏战争准备。
中国第九战区自1939年秋第一次长沙会战后，继续在横跨湘鄂赣三省的长江以南地区，与日军第11军形成宽正面对峙。
1940年7月重设第六战区后，第九战区向西、向北与第六、第五战区的分界线为：自常德南约15公里的石门桥、连山湖南岸、大通湖北岸、洞庭湖北岸沿长江至武汉下游迄九江之线；向东与第三战区的分界线为抚河、鄱阳湖口之线。这几个战区共同构成对武汉日军第11军的包围态势。
第九战区总结第一次长沙会战经验，根据日军部署判断日军进攻方向：
赣北方面，一是由德安、安义指向武宁、修水、铜鼓，一是由南昌指向高安、上高、万载，或由南昌指向新淦、吉安；鄂南方面，可能由崇阳、通山、通城向南指向平江、浏阳；湘北方面，则由沿粤汉铁路两侧地区向南指向长沙。
湘北为主要方向，其他为策应或牵制方向。因此第九战区则将主力部署在湘北方面，并利用新墙河、汨罗河、捞刀河、浏阳河等构筑多层阵地，实施纵深防御，将部队控制于东侧幕阜山、连云山山地，以便侧击进犯日军。