1884年5月15日生于东京市四谷区坂町，为德川幕府武士后裔。
1898年8月入东京陆军幼年学校，毕业后考入陆军士官学校。
1904年10月由陆军士官学校第16期毕业，被授以步兵少尉，任步兵第1联队补充队小队长。
1905年4月转任步兵第49联队，参加日俄战争。
1907年12月晋升为步兵中尉，调任陆军士官学校中国留学生队区队长。
1910年12月入陆军大学深造。次年4月，与星野捆结婚。
1913年11月由陆军大学第25期毕业，任步兵第1联队大尉中队长。
1914年8月调任参谋本部战史课参谋。次年2月，为编纂日德战史被派赴青岛搜集资料，此系他第一次踏入中国土地。
1917年2月被担任北洋政府军事顾问的青木宣纯中将选为助手，此后在北京工作两年多。
1919年7月晋升为步兵少佐，调至陆军省新闻班工作。
1921年6月赴欧美考察，并于同年10月在德国与小(口克)敏四郎、东条英机等立志“改革”的青年军官，结成“巴登巴登盟约”。
1923年3月转任参谋本部中国课参谋，同年8月晋升为步兵中佐。
1924年1月抵上海任日本领事馆武官。次年底，被孙传芳聘为军事顾问。
1926年1月其妻捆病故，卒年35岁。
1927年3月回国。同年7月晋升为步兵大佐，转任步兵第6联队联队长。
1928年5月济南事件发生，率第6联队前去增援，但驻扎于青岛。8月，由青岛调回参谋本部任战史课长。1930年8月转任陆军省人事局补任课长。
1932年1月上海“一二八事变”爆发。2月，任日本“上海派遣军”副参谋长；4月，晋升为陆军少将；8月，转凋到中国东北任关东军副参谋长。
1933年1月指挥关东军进攻热河等地。5月，代表日方签订《塘沽协定》。
1935年3月调任参谋本部第2部（情报）部长。
1936年3月晋升为陆军中将，并就任第2师团师团长。
1937年1月与加藤结婚。4月，率第2师团赴东北。
1937年7月芦沟桥事变发生，中国抗日战争全面爆发。
1938年7月由中国东北调至华中，担任日第11军司令官，指挥进攻武汉等。
1940年3月回国任军事参议官。转年4月，晋升为陆军大将。
1941年7月就任日华北方面军司令官。此后，指挥日伪军对华北各抗日根据地进行了多次“扫荡”作战。
1941年12月8日日本联合舰队偷袭美国珍珠港，太平洋战争爆发。
1942年6月日军在中途岛战役中受到重创，太平洋战场主动权转入盟军之手。
1944年1月为了加强中国大陆的日军与南洋日军的联系，日大本营制定打通平汉、粤汉和湘桂铁路的“1号作战”具体计划。4月一5月，冈村指挥华北日军发动河南作战一占领郑州、洛阳。
1944年8月转任日第6方面军司令官，指挥日军进攻广西。11月，相继占领桂林、柳州、南宁等地。
1944年11月下旬就任日本“中国派遣军”总司令官，指挥除东北和台湾之外的全部侵华日军。
1945年3月下旬至4月底命令以日第12军为主力，发动老河口作战，并占领豫西鄂北一些重要城镇。
19454月下旬至6月上旬令第6方面军发动芷江战役，遭到挫败。
1945年7月26日中、美、英三国《波茨坦公告》发表，敦促日本无条件投降。
1945年8月美国于6日在广岛投下第1颗原子弹；8日，苏联宣布与日本处于战争状态，9日零时起百万苏军向中国东北突入；9日上午，美国向长崎投下第2颗原子弹。
10日，日本表示接受《波茨坦公告》；15日，天皇发表停战诏书，宣布无条件投降。
1945年9月2日盟国在停泊于东京湾的美国“密苏里”号战列舰上举行投降签字仪式。日本外相重光葵代表日本天皇和日本政府，陆军参谋总长梅津美治郎代表大本营在投降书上签字。
1945年9月9日中国战区日军投降签字仪式在南京举行。冈村宁次代表其“中国派遣军”和驻台湾、越南北部的日军在投降书上签字。
1945年9月12日至1948年3月底冈村先后以“中国战区日本官兵善后总联络部长官”和“联络班长”等名义，被中国政府软禁在南京，除协助遣返日军、日侨外，还充当国民党军事当局的秘密军事顾问。
1948年3月底被解往上海候审。1948年8月中旬被正式送进上海战犯监狱，但不久以“保外就医”名义被监视居住于上海黄渡路秘密住所。
1949年2月被国民党军事法庭审判为“无罪释放”，旋即返回国内。
1950年底被蒋介石聘为台湾“革命实践研究院”高级教官，此后多次到台湾讲学、访问。同年，还担任日本右翼势力“日本战友会”副会长等。
1962年4月长子冈村忠正病死，时年49岁。
1963年4月应日本防卫厅战史室要求，抱病整理个人日记和撰写回忆录，于1965年初完成。
1966年9月病死，卒年82岁