于阗城的战斗损耗了大量的子弹、炮弹，要想进一步行动就必须进行补充，好歹袁应泰的能力出众，再加上朱有孝的重视，补给现在正走在路上，袁崇焕就开始在于阗城安心练兵，尤其是巷战的战术，再就是耐心等待着补给的到来。
再说卢象升部，接到朱有孝的旨意以后就率领部下三万余人向西奔去，至于后备物资自有袁应泰操心，一路之上饥餐渴饮不必细说，只是到了山丹马场之后休整了七天，和马场的地方长官要了五千匹山丹马，一边走一边训练，又用了三天的时间赶到了甘州，在这里需要休整一下，因为再向前去就是大沙漠了，必须备足饮水和粮食，否则的话那就是找死去了。
卢象升的到来喜坏了肃州守备崔廷武，也忙坏了崔廷武，喜的是卢象升要去征战西域，自己也可以前去为国立功升官的机会到了。忙坏了，是因为卢象升需要的东西太多了，骆驼得二千头，同时必须配备足够的水囊。当然了，这些东西也就是在这里平时就必备的，不过卢象升要得太多，需要时间去筹备。在和崔廷武谈话的时候，卢象升了解到此人的确不凡，从祖上起连续五代驻守在肃州边关，其父亲就是上任守备，一兄一弟皆是武官，现在内地任职，他自己则是子承父业，继续守备肃州。
有了崔廷武这个地头蛇、活地图，卢象升就方便多了，这里距离哈密大概一千二百里，现在哈密被叶尔羌汗国占领着，卢象升打算奇袭哈密，再取吐鲁番，哈密就是以后的中途转运站，因为他的南面还是叶尔羌汗国的地盘，虽然隔着大沙漠，但是也不得不防。计划好以后，卢象升让崔廷武督后勤物资跟在后面，自己带着二万河套轻骑和一万河套步骑兵直奔哈密而去，过玉门关稍加休息，晚上夜宿瓜洲，第二天起早行军，下午就赶到了哈密，现在的哈密也是一个小破成，叶尔羌汗国人刚在这里搜刮一边，卢象升的人马没有费什么大劲就拿下了哈密。这里的人也没有地方逃跑，周围都是大沙漠和戈壁滩，出去人少了就是找死，所以除了少数战死，其余都投降了。
卢象升见这里没有什么叶尔羌汗国的正规士兵，就决定不再等崔廷武，而是留下二千人马留守等待，自己则前往吐鲁番，让崔廷武到了之后直接奔吐鲁番去送物资。卢象升部就在哈密休息一晚，第二天就奔吐鲁番去了，晚上住宿鄯善县，这里倒是不错，早早休息，第二天整顿好部队，五千人的山丹马前锋先行，大部队随后跟进。
领队的先锋是刘芳亮和田见秀，刘芳亮号称“白马银枪”，田见秀足智多谋，这二人的搭配卢象升非常的放心。从鄯善县的吐鲁番不到二百里路，刘芳亮和田见秀带领的骑兵用了两个时辰的功夫就赶到了吐鲁番附近，然后开饭休息，并派出探马侦查情况，这些探马就是崔廷武的老兵再加上几个骑兵，他们扮成商人去打探情况。探听的结果就是吐鲁番现在只有八千多叶尔羌汗**队。于是田见秀便建议诱敌出城作战，方法就是派出一队人马打劫一个部落，引诱敌人出动，然后把敌人诱入待定的区域，进而消灭。刘芳亮便采纳了田见秀的建议，这里是是沙漠地带，有不少沙丘，田见秀就提出用一千人埋伏在沙丘后面，沙丘左右两侧各埋伏一千人，架好迫击炮做好准备，刘芳亮则带领两千人负责诱敌。
两人计划完毕，刘芳亮就带领两千人直奔吐鲁番城东而去，在城东三里有一个部落，部落的人们正在吃中午饭，刘芳亮就带着部下冲了过去，不管三七二十一，一顿大杀，二千多人的部落被杀的七零八落，于是就有不少人向城内跑去。城外杀声阵阵大火冲天，早就惊动了吐鲁番的守将，待到有人进城求救是，守将已经集合好人马冲出了城门。为了表演的真实一些，刘芳亮就带领士兵冲杀到了他们的前锋面前，等到叶尔羌汗国人的火气上来了，意欲包围他们的时候，刘芳亮马头一转，迅速回撤，叶尔羌汗国部队就在后面追赶，就这样把他们引了过来。
两拨部队一前一后跑了过来，刘芳亮的骑兵跑过坡顶以后，迅速分成两队向两侧转去，叶尔羌汗国士兵刚到了斜坡一多半。田见秀把手一挥，隐藏在坡后和两侧偏后的迫击炮迅速发射，当场炮火就把整个前锋覆盖，接着炮火延伸，把叶尔羌汗国士兵打得晕头转向，两侧各一千人向后包抄，刘芳亮带队迅速反击。一时间中了埋伏的叶尔羌汗国士兵就开始了溃败，这时候山丹马就显示出了他们的优势，速度快，耐力好，逃跑的叶尔羌汗国士兵把后背让给了明军，这种好事不多见，明军毫不客气的一阵围杀，将八千人的叶尔羌汗国士兵追杀得狼狈不堪，四散奔逃，最终能够跑出包围圈的十不存一。
失去了军队的吐鲁番城，就像一个被脱光了衣服的少女，刘芳亮、田见秀带领士兵们大摇大摆的进入了吐鲁番城内享受自己的战利品，敢于抵抗的士兵也罢，老百姓也罢，刘芳亮一概命令射杀，直到城内再没有一个人敢于反抗。接下来他们就开始了调查城内的人口，这里毕竟是商业交通要道，五花八门的什么族的人都有，竟然找到了不少在这里经商的明朝人。叶尔羌汗国人自然不能留下，或杀或卖，其他的人则是能留则留。然后安下大营等待卢象升的到来，至于附近的小部落，当然不用等卢象升下令就开始清剿。
卢象升带领部队到来之后，就开始清理方圆几百里之内的叶尔羌汗国人，把他们逐如南部的沙漠地带。等到崔廷武的后勤给养到了之后，卢象升就交给他一万人马，让崔廷武开始向沙漠里面的绿洲围剿。
等到袁应泰派出的三万步骑兵来到后，卢象升就开始向乌鲁木齐进发，乌鲁木齐地处天山中段的北麓，现在还只是一个小破城，也没有多少人据守，所以很快就被卢象升占据了。其实卢象升还可以从吐鲁番直接向天山南路进军，不过朱有孝给他的旨意是向西北，故此他在吐鲁番留下一万人马护住后路，以便袁应泰的补给能够畅通，顺便也向朱有孝请示向这一代移民，因为想占据一片地方，没有人口是没有用的。
其实这事也简单，二十万的筑路大军，朱有孝给了他们最优惠的条件，让他们带家属顺路携带给养都到这一代定居，种地每人自己决定多少，三年内免税，优惠的政策让人动心，经过这几年的宣传，人们已经对迁徙不再反感，反而觉得每次大明朝的移民都是发财致富的捷径，立马就有五万多人挟带家属一共有近二十万人在三个多月的时间里迁到了吐鲁番到乌鲁木齐这一线地域，吐鲁番城达到了近五万人，初步具有了城市的规模。
安定下后方以后，时间就到了六月底，还没有等卢象升进兵，占据伊犁一带的蒙兀儿人就带兵来攻他来了，你说他这不是捅马蜂窝吗？卢象升二话不说，带上二万骑兵、三万步骑兵就迎了上去，蒙兀儿人来了八万多人的大军，双方就在乌鲁木齐北侧碰到了一起，蒙兀儿人是八万大军，而且全是骑兵。卢象升是位文武双全的帅才，他用三万步骑兵列好阵地，等蒙兀儿人距离到炮击的地方后，三万步骑兵所带的迫击炮倾力猛轰，从近处的六十丈，到最远处的二百丈之内，被明军打成了一片火海，蒙兀儿人的队伍马上就乱的一团糟，趁此机会两侧的骑兵立马杀到。从来没有过加过这种火器的蒙兀儿人都吓呆了，看到手持马刀冲过来的明军骑兵，马上就窜，不到一个时辰的功夫，来势汹汹的蒙兀儿人就丢下一片尸体，惊慌失措的逃跑了。