让燕世子和朝廷都没有料到的是，就在双方联络约定好具体行动方案之后，还没有开始执行这一行动，结果朝廷军队发生了一次致命的失误。而这次失误恰巧被敏锐的燕王朱棣抓住了。燕军在那次关键的战役中取得一场大胜利，朱棣一举扭转了战局，最后打败了建文帝的军队，夺得了帝位。
身在北平的燕世子，同样在自己父亲燕王朱棣身边安插了他的人。因此虽然世子身在千里之外的北平，但他对前线的战事进展情况却也了如指掌。
通常来说，前线的战争局面，燕世子在一晚之后便会知道详情。所以当第二天早上传来燕军在前线大败朝廷军队，以及朝廷军队主力全军覆没的消息后，燕世子便料到燕军即将渡过长江。不出意料的话，燕军很快便会以摧枯拉朽之势席卷朝廷核心——京师。
对于燕军的这一意外取胜，燕世子的内心显得十分惊慌。为了迷惑身边监视他的人，在第二天下午收到燕王朱棣派人送来的捷报后，燕世子表现出极其夸张的兴奋样子，并且命令人赶紧准备犒赏前线将士的财物。但燕世子的内心却十分恐慌。燕世子知道，朝廷肯定还留有自己与建文帝相互联系的书信证据。而燕世子对父亲朱棣的脾气再清楚不过了。一旦攻破被京师，父亲朱棣肯定会首先搜寻朝廷中的各种档案，以此追查军中与朝廷互通的人员名单。
靖难之役，在当时燕军与朝廷军队相互拉锯的几年中，为了解对方的动向、在战争中取得先手，朱棣和建文帝双方都通过金钱、美女以及封官许愿等种种方法，拉拢了对方的人作为自己的间谍。朱棣几次设计巧妙的计划最后却被朝廷军队识破，朱棣十分清楚这其中的原因。他当时就发誓，一旦查清楚泄露自己计划的人，一定要将他们千刀万剐、碎尸万段。
出于对朱棣追查间谍的恐慌，世子无论如何都要在朱棣入城之前，先将自己与朝廷互通的所有证据都一一销毁。
于是燕世子一场精心策划的毁灭证据的行动便紧急启动了。在断定燕军不日就会渡过长江、进攻京师后，燕世子便立刻召集了自己的心腹之人——一大批武功高强的杀手。燕世子命令他们必须以最快的速度，在燕军到达之前赶到京师。而在京师，还有一批燕世子之前便已经部署在京师的人从旁协助。这些人中，既有提供行动资金的商人，也有提供情报的官员，同时还有其他各行各业的人。这些人很快便收到了燕世子的命令。
这几年留守北平，燕世子靠着掌管燕军后勤的便利，偷偷截留了一小部分粮饷，这才能支撑起这支队伍。
杀手们按照燕世子的命令，在燕军即将包围京师、而京师马上就要关闭城门戒严的最后时刻，抢先一步进入京师。当时的京师已经陷入严重的恐慌和混乱之中。负责京师秩序的羽林卫已经基本解散了，到处都在发生着哄抢行为。有些人为了抢东西，甚至光天化日之下行凶、放火。
借着城内的混乱，燕世子派去的杀手先后干掉了几名知道或者参与了建文帝与燕世子联系的官员和太监，并彻底搜查了他们的家，将他们保留的一切书信全都销毁。其中有一家无法下手的，便一把火将整个宅院都给烧毁了。在当时的混乱局面下，他们的行为被当成流民所为，并没有引起任何人的怀疑。
不过因为苏傲当时身处燕军阵营，燕世子一时无法下手。而他家也甚是贫寒，杀手们搜遍了他的家，除了几本破书外，并没有发现任何能够证明燕世子与建文帝勾结的证据。于是他们只好作罢，暂时放过苏傲家。
城破那日，燕世子派去的杀手更是伪装成燕军，混在最初攻入京师的燕军中直奔皇宫。在那里，他们烧毁了许多档案。就这样，当朱棣派来的人专门到皇宫中搜寻档案的时候，只发现了部分燕军将士与建文朝廷互通的书信，并没有发现世子与建文帝联系的证据。
靠着那些档案，刚刚进入皇宫的朱棣，一次命令就将自己军中与建文朝互通的两百余名将士和谋士全都处死。而其中更不乏为朱棣立下汗马功劳的心腹之人。朱棣的举动让世子后背直冒冷汗。
后来，朱棣登基做了皇帝，燕世子也自然成为太子。在京师秩序进本恢复后，太子也来到京了师。为了确保万无一失，他又买通宫内太监，彻底检查了宫内所剩的建文朝档案，以及建文帝的起居注和实录。将其中任何可能联系到太子的记载，全都删除或者改写。但毕竟做这事不够光明正大，具体删改者还是有些慌乱，他们对相关记载看的也并不仔细，所以还是难免留下了一些矛盾的记载。好在后来，随着局势渐渐稳定，永乐帝朱棣便将注意力转移到日常事务中去了，这时太子才彻底放下心来。
因此，苏傲也成为唯一个知道太子秘密的人了。