1227年，病逝于天长观，终年80岁。元世祖时，追封其为长春演道主教真人。
清高宗曾撰写一幅对联称之：万古长生，不用餐霞求秘诀；一言止杀，始知济世有奇功。
丘处机是金元之际全真派最重要的人物之一。
从二十四岁进入陕西到四十三岁离陕，共计二十余年，为他人生最重要的阶段。
他先后在祖庵、磻溪、南昌宫、太乙观、龙门等地修真。完成了《磻溪》诗词的大部分，他降心炼形，磨砺意志，广结善缘，勤修内丹，悟彻生死。
磻溪、龙门均是陕西宝鸡的地名，为丘处机早年修真之地。林间羽客樗栎道人编《长春丘真人》说：磻水溪边七年苦志，宝玄堂上流光，炼金丹大药之基，种火枣交梨之树，出神入梦，斡地回天，此功德之最大者也。
“莫非是让我们来宣传丘祖？”
燕玄虎有些兴奋地问导演。
“我们的电视片是《丘处机在陕西的二十年》，这头一站就是宝鸡的磻溪。你们感兴趣吗？”
导演咪咪地笑着，他观察了片刻，然后对燕玄龙说：“我看你形象不错，能否扮演丘处机？”
燕玄龙沉吟良久，没有作答，那位扮演者闻听拂袖而去。
燕玄虎却凑过来对导演说：“我师兄形象虽好，可是口才差些，不如让我代他来演，剧本我都不用编，全在这里。”
他拍拍自己的肚子，自信地笑着。
“你可以演男二号。”
导演说着，转过身对燕玄飞满脸堆笑，道：
“你演女一号。”
“怎么还有女的？”
燕玄虎刚高兴了一下，没想到又冒出来女一号。
“一部片子拍得再好，如果全是光棍，谁看得下去？就好比菜里不放盐一样。”
导演眼珠子一动不动地盯着燕玄飞的反应。
“讲讲女一号。”
燕玄飞此刻已是怒火中烧，但她还是强忍着先问个究竟。
导演还以为女道士也像俗人一样特别想上镜，特别想出名，马上心花怒放，从身上口袋里掏出一个本子，递给燕玄飞，只见上写：
金世宗大定十四年秋，丘、刘、谭、马为王重阳守丧三年期满，于陕西鄠县秦渡镇真武庙各言其志：马钰曰斗贫，谭处端曰斗是，刘处玄曰斗志，丘处机曰斗闲。
孙谦《四仙碑序》言：重阳升霞，此四仙者同入终南。丘仙遂居磻溪六年，而烟火俱无，箪瓢不置，号曰长春子。
刘仙住洛阳云溪之洞，而养浩不语，号曰长生子。
谭仙游化于磁、洺、怀州之间，号曰长真子。
马仙独守终南，而筑圜者不出，号曰丹阳子。
志贫则外披缕褐，内怀珠玉；志是则委蛇游世，公正不邪；志闲则无为应缘，照而常寂；志志则守道不渝，应物全真。
在秦渡镇与马钰、谭处端和刘处玄分手之后，丘处机西游凤翔、虢州，被秦川的秀丽景色所打动，对于秦陇之风物，多有赞美之辞：秦川自古帝王州，景色蒙笼瑞气浮。
触目山河俱秀发，披颜人物竞风流。
十年苦志忘高卧，万里甘心作远游。
特纵孤云来此地，烟霞洞府习真修。
丘处机认为，秦川风景秀丽，人杰地灵，为修道的最佳场所，遂隐修于陕西宝鸡之磻溪。
磻溪在凤翔虢县界，一泉绝清泠，北流二十里入于渭，层峦叠嶂，秀异如画。
土膏腴而树蓊郁，路邃隐桃源之旧，谷深藏壶里之天。
磻溪山水相映，水清径幽、林深谷邃，丘处机一见喜之。
诗云：故人别后信天缘，浪迹西游住虢川。
宛转风尘过万里，盘桓岩谷洎三年。
安贫只解同今日，抱朴畴能继古仙。
幸得清凉无垢地，栖真且放日高眠。
丘处机到磻溪后，开凿长春洞以为居所，诗云：
凿开洞府群仙降，炼就丹砂百怪诛，
福地名山何处有，长春即是小蓬壶。
又有诗云：南溪竹，腾秀入青冥。
直节虚心功未显，深根固蒂道先明。
霜雪岂凋零。休怅恨，大器晚圆成。
自有孤高栖凤质，能教倜傥化龙形。
他日看超升。
丘处机在磻溪过着十分艰苦的生活，烟火俱无，箪瓢不置，逐时村巷求食，若在严冬苦寒难耐之时，则寂寞山家孤悄悄，终日无人谈说。败衲重披，寒埪独坐，夜永愁难彻。长更无寐，朔风穿户凄冽。
求饭朝入西村，临泉夹道，玉叶凌花结。冻手频呵仍自恨，浊骨凡胎为劣。
昼夜参差，饥寒逼迫，早晚超生灭。
在磻溪的六年中，丘处机不管春夏秋冬，常披一蓑衣，人称蓑衣先生。
生活的艰苦，并不是丘处机修道的最大敌人，最大的敌人是寂寞与孤独。
有一段时间，他产生了要放弃修道的念头。词云：一从东别长安道。西往磻溪庙，渐扣南山名迹杳。
洪沟冷淡，土龛潇洒，北府何曾到。
夜深陌上行人悄。独听岩前子规叫。
切切松梢啼到晓。声声相劝，不如归去，争奈功夫少。
充分体现出丘处机当时孤寂难耐的心情，他之所以坚持了下来，在磻溪一呆就是六年，幸亏有一位美丽女子的帮助，导演把眼光转向了燕玄飞。
“一派胡言！不得辱没祖师！”燕玄飞怒斥道。
导演不仍然狡辩：“丘处机的《无俗念》：
春游浩荡，是年年寒食，梨花时节。白锦无纹香烂漫，玉树琼苞堆雪。静夜沉沉，浮光霭霭，冷浸溶溶月。人间天上，烂银霞照通彻。
浑似姑射真人，天姿灵秀，意气殊高洁。万蕊参差谁信道，不与群芳同列。浩气清英，仙才卓荦，下土难分别。瑶台归去，洞天方看清绝。讲的就是小龙女。”
“你瞎，瞎，扯扯啥？”燕玄虎气得简直都结巴了。
导演接着狡辩：“小龙女天姿国色，冰清玉洁，即使是道行高深的丘处机也产生了思慕之情，但碍于自己是全真教的掌门，不能直白表达，只能赋词一首。”
燕玄龙不得不正色道：“真人有《无俗念》蓑衣词：
深溪古岸，到秋来莎密，茸茸无极。拣择修纤归洞府，虚落晴天吹炙。两束丝干，千修绳救，不假良工织，闲轩亲自结成，渔父装饰。