同日夜里，又有市民和士兵九千多人，被日军押往海军鱼雷营，除９人逃出外，其它全部被杀害。
16日傍晚，中国士兵和难民5千余人，被日军押往中山码头江边，先用机枪射死，再抛尸江中。
17日，日军将从各地搜捕来的军民和南京电厂工人3千余人，在煤岸港至上元门江边用机枪射毙，一部分用木柴烧死。
18日，日军将从南京逃出被拘囚于幕府山下的难民和被俘军人5.7万余人，用铅丝捆绑，驱至下关草鞋峡，先用机枪扫射，复用刺刀乱戳，最后浇以煤油，纵火焚烧，残余骸骨投入长江。
令人发指的是，日军少尉向井和野田在紫金山下进行“杀人比赛”，他们分别杀了106和105名中国人后，比赛又在进行。
在日军进入南京的一个月中，全城发生2万起强奸、轮奸事件，无论少女、老妇，殾难以幸免。许多妇女被强奸后又遭到枪杀、毁尸，惨不忍睹。
与此同时，日军遇屋即烧，从中华门到内桥，从太平路到新街口以及夫子庙一带繁华区域，大火连天，几天不息。
全城约有三分之一的建筑物和财产化为灰烬。无数住宅、商店、机关、仓库被抢劫一空，后来发表的《远东国际法庭判决书》写道：日本兵完全像一群被放纵的野蛮人似的来污辱这座城市，他们单独的或二、三人为一小集团在全市游荡，实行杀人、强奸、抢劫、放火，终于大街小巷都横列着被害人的尸体。
据1946年2月中国南京军事法庭查证：日军集体大屠杀28案，19万人，零散屠杀858案，15万人，总计被害人数达30万人以上。
“江边流水尽为之赤，城内处所有河渠，沟壑无不填满尸体。”霎时，南京城内外，尸横遍野，河渠心赤，滚滚长江漂浮着无数的冤魂。
南京大屠杀惨绝千古人寰！
中华民族在经历这场血泪劫难的同时，中国文化珍品也遭到了大掠夺。据查，日本侵略者占领南京后，派出特工人员330人，士兵367人，苦工830人，从1938年3月起，花费一个月的时间，每天搬走图书文献十几卡车，共抢去图书文献88万册，超过当时日本最大的图书馆东京上野帝国图书馆85万册的藏书量。日军在南京的暴行，为现代世界文明史留下最为黑暗的一页，也是中华民族历史上最为耻辱的一页！
走出纪念馆和万人坑，眼前徒然开阔，水塘远处，一座写着“和平”字样的雕像高高矗立，雕像中的女人一手举着和平鸽，一手托着孩子。这便是悼念广场，外形如同十字架，上部刻着南京大屠杀发生的时间标志碑，倒下的三十万人的雕像。一行五人来到祭美广场和墓地广场，向南京遇难同胞敬香、奉烛，祈祷遇难同胞亡灵安息；祈祷我们的家园，不再有战火和硝烟；祈祷我们的祖国，远离战争，永远和平。
思华居士邀请三位同他们一起打车前往钟山，去明孝陵和中山陵，一切费用由他个人负责。
燕玄虎高兴地小声地燕玄飞说：“这下好了，不用跳墙逃票了！”
燕玄飞瞪他一眼，又望燕玄龙，两人多日不见，一时目光相碰，竟都不约而同地低下头去，脸上闪出久别重逢的喜悦和羞涩。
燕玄龙产：“我们出家人不拜皇帝和大总统。”
思华老居士有些尴尬，说：“实话说，我对皇权和政治也不感兴趣，疑案太多，传言繁杂，令人摸不到头脑。”
燕玄虎赶紧接过话头，说：“明孝陵是朱元璋和马皇后的合葬陵，您说的疑案是朱元璋的画像竟有16幅之多。有的画像是方面大脸，慈眉善目，胡须稀疏，面目细润；有的则是脸颊狭长，立眉深目，大耳隆鼻，胡须浓密，满脸黑子，五官不正，相貌丑陋。不知到底哪个是真哪个是假？
至于中山陵，是孙中山的陵墓，在明孝陵的东边。您讲的传言是李敖说孙中山给日本首相开出比袁世凯二十一条还卖国的条款，并试图出场满蒙。可惜日本人看不出他究竟有什么实力可以控制全中国，就没有和他合作，导致卖国未遂。
但又有专家指出，爱国也要讲变通，比如列宁当年不顾众人反对，签订了布列斯特和约，割让大片领土给德国。等到国家强大了，苏联还是将那些土地收了回来。所以孙中山不是卖国，而是爱国。到底谁对谁错？”
思华老居士听后笑道：“讲的不错，世间自有公道，历史自有公论。我们不谈人与是非，我们只看风水。史载钟山为道教三十门小洞天之三十一洞天。此次回来，我是要安家落户的。”
于是，五人打车来到坐落在南京东郊紫金山南麓独龙埠玩珠峰下的明孝陵。因皇后谥“孝慈”，故名孝陵。明孝陵位于茅山西侧，东毗中山陵，南临梅花山，是南京最大的帝王陵墓，也是中国古代最大的帝王陵寝之一。周边还有常遇春墓、仇成墓、吴良墓、吴桢墓及李文忠墓等五座功臣墓。
整个孝陵历时30余年建成，至今已有六百多年的历史。由卫岗的下马坊至文武方门的神道长达2400米左右，但明孝陵的神道石刻是中国帝王陵中唯一不呈直线，而是环绕建有三国孙权墓的梅花山形成一个弯曲的形状，如同北斗七星。
“自古以来，中国的帝陵神道都是南北笔直的，朱元璋为什么如此特立独行？”燕玄飞扭头问身旁的燕玄龙。
燕玄龙说：“明孝陵的陵址，是经过朱元璋、刘基、汤和等人在明初亲定的‘风水宝地’。明孝陵在平面规划上采用北斗七星图式，他任用了刘伯温、刘中、刘渊然、丘玄清、张三丰等有名的道士，审天象，作地志，以北斗作总体规划，体现了中国古代人死后‘魂归北斗’，天人合一的道教思想。”
燕玄虎说：“相传，当年朱元璋在建造孝陵时，工匠有将孙权墓平掉的想法，但是朱元璋却说，孙权也是一条好汉，就留着他给我看门吧。”