按照朱天启的安排和规划，吴三桂首先要做的是收编倭国的军队，因为他手下的明军总共只有五万，要管理整个倭国肯定是不够的。
于此同时，朱天启也派人去给吴三桂送去了数万杆燧发火铳和新式火炮，以保证明军在军事装备上的绝对优势，如此一来，便可弥补明军在人数上面的不足。
吴三桂依靠这些火铳和火炮便可以较少的明军来管理多数倭国军队及郡县了，倭国全国的各个郡县都设立了明军的卫所，驻扎了军队来维护地方的治安。
倭国王依然是倭国名义上的统治者，在京都执政，倭国朝廷也基本上保留了下来，但是大小官员都已经开始逐步由女人担任，除了少数通过大明所设审查组的审查，得以留在倭国的男性大臣以外，其余因为被处置而空缺的官位，都由倭国王重新挑选合适的女性加以任命了。
不过倒是也不必担心这些女性没有执政的能力，毕竟以后也用不着她们真正的掌权执政，倭国的朝廷以后的主要工作是在大明官员的监督下，进行一些文秘性质的行政工作。
倭国也不再维持以前的那种藩国制度，而是改为了郡县制，全国按照现有的藩国划分为大约六十八个郡，郡下设县，县下设村，因为倭国国土面积很小，人口总共也不到三千万，所以无需继续再多设分级。
等到把倭国的男性都分批运离倭国，送到西伯利亚之后，这倭国便只剩下一千多万的人口了，管理上便更加容易了一些。
也就是说，倭国原来的藩级行政区划被变为了郡，而郡级行政区划则变为了县，再下一级变为了村。
因为倭国的郡实在太小，充其量能顶上大明的一个州县大小，所以明军只需要在每个郡设立一个卫所便足够了，每个卫所也只需要派驻一千名以内的明军，另外加上一些被改编的倭军即可。
倭国朝廷则要按部就班地设立郡府衙门和县府衙门，派遣官员执政，当然官员的执政权是十分有限的，一般来说只能负责管理一些民事纠纷之类的小问题，但凡稍微大点儿的事情就要到卫所上报给明军的军官，由大明方面来介入管理。
军事方面，倭国朝廷不再成立军队及任何武装力量，倭国的治安工作一律由明军来负责管理。
经济方面，倭国因为以后只剩下了女人，所以以后倭国人只进行农业生产和服务业经营，所有倭国人只能选择务农，或者从事服务业，所谓服务业用倭国人的话来说就叫“风俗业”，是让外来人体验倭国风土人情的行业。
当然，这个行业也是需要很多各方面的人才的，除了直接从业人员之外，还有有人做些端茶倒水的后勤工作，有负责招徕顾客搞宣传工作的，有负责收款算账搞行政工作的，所以说，倭国人的就业面还是远比想象中要广泛一些的。
按照朱天启的计划，以后这整个倭国，就要建成类似于后世的拉斯维加斯那样的，享誉世界的娱乐圣地，同样也是集结H、D、D三大项的销金窟，如此一来便可变废为宝，把倭国这个土地贫瘠、资源匮乏的岛国变成一个赚钱的好地方。
除此之外，倭国目前的矿产、港口贸易等地，则全部由大明方面接管，派驻专门的官员和军队负责经营管理，这也算是在把倭国建设成娱乐之国之前，能够为大明带来巨大收益的几个大项！
尤其是倭国的银矿，这可是朱天启眼馋了许久的了，倭国的银矿在此时可是产量最高的银矿之一，产银量占到了世界产银量的三分之一，朱天启怎能放过？
所以朱天启在安排好了对倭国军、政之事，以及后续建设规划之后，给吴三桂安排的第二项任务便是火速率军攻占出云藩，在出云藩的岛根郡，有一座佐摩银山，便是倭国最大的银矿。
吴三桂占领佐摩银山之后，便依命在银矿留驻军队，等候朝廷派来官员和矿工前来开采。
而后便是对倭国的几个大港口城市的建设，朱天启也让吴三桂在各大港口城市派设了明军驻扎，以保证贸易安全，同时让张国纪和张十里去负责管理倭国各大港口城市的贸易经营。
在做这些事情的同时，吴三桂还要负责逐步征服那些还未向明军臣服的藩郡，以及肃清倭国境内的反抗力量，还有曾经与明军合作的倭国反抗军，如今倭国既然已经向大明投降了，那这反抗军对于吴三桂来说也就没有什么利用价值了，自然是不能留着他们的。
不过现在想要把反抗军除掉，对于吴三桂来说却也并非易事，之前在反抗军小头目上田先狩的牵线搭桥下，反抗军首领已经答应来见吴三桂，并表示只要吴三桂能够帮助反抗军肃清倭国国内的德川幕府残余势力，反抗军便会帮助吴三桂劝天皇向大明投降。
可计划比不上变化，朝廷似乎已经没有了耐心，直接下令让李邦华和吴三桂进攻倭国的京都，俘虏倭国天皇，以逼迫倭国向大明投降。
吴三桂自然不能让李邦华抢了先，所以马上就率领自己的部队直奔京都而去，哪里还顾得上理会反抗军？
而此时，吴三桂终于如愿在李邦华赶到倭国京都之前，把京都攻陷，并代大明接受了倭国天皇的投降臣服，可于此同时，他与反抗军的合作和交易自然也就因此而崩盘了。
倭国反抗军可是打着推翻德川幕府，扶持倭国天皇的旗号搞起义活动的，如今吴三桂却直接贡献了京都，俘虏了倭国天皇，反抗军自然是不能再与吴三桂合作的，而且理论上来说，他们还要与吴三桂为敌，来救援天皇才对。
但是倭国反抗军毕竟只是把天皇当成一个旗号而已，他们也并非真的拥护天皇，向天皇效忠的，所以他们自然不会为了天皇来与吴三桂开战，白白送死，他们自己几斤几两还是心里有数的，肯定是没有能力与吴三桂正面交锋的。
因此，反抗军选择了隐匿踪迹，彻底从吴三桂的视线里消失了。
吴三桂自然也是知道问题出在哪里的，而且即便现在他和反抗军还没有到反目成仇的地步，但是也绝对不会再面对面谈判了，反抗军估计已经不再信任自己，现在再想找到他们可就不是那么容易的事情了。
吴三桂是不怕与倭国反抗军们为敌的，但是现在这样的局面还是让他感觉十分头疼，毕竟真刀真枪地干，吴三桂要歼灭倭国反抗军简直如捏死一只蚂蚁般简单，但是现在倭国反抗军要躲在暗地里与自己作对，要玩这种“猫抓老鼠”的游戏，这可就麻烦大了。吴三桂把朝廷拨发的新式火铳和火炮下发给了手下的明军之后，便开始下令让驻扎在倭国各郡县的卫所派出小支部队，对倭国各地进行扫荡，清除倭国残余敌对势力，以及追捕倭国的反抗军成员。
倭国的反抗军虽然大多数是被裹挟加入进来的农民和低等士兵，但是那些担任大小头目的，却都是落魄武士或浪人，是经过一定军事训练的，反追捕，反侦察能力还是比较强的，所以明军的收获十分有限，只能抓到一些无关紧要的人。
吴三桂逐渐失去了耐心，倭国的反抗军势力不除，则始终威胁着倭国境内治安的平靖，若是让他们掀起什么乱子来，让朝廷知道了，自己岂不是要因此获罪？吴三桂决定还是应该加大力度，集结兵力，亲自出马才行。
另一方面，李邦华和郑芝龙也已经回到了京师复命，这还是郑芝龙第一次入京面圣，心中难免有些紧张。
尽管征倭之战让吴三桂这个后来者夺得了首功，但是对于李邦华和郑芝龙，朱天启同样也是大加封赏，甚至给予李邦华的封赏还要比吴三桂更甚，李邦华作为明军水师的主帅，在这场战斗中起到了至关重要的作用，才是真正的首功之臣。
至于郑芝龙，朱天启也将其官升三级，同时也再一次给了他一个建功立业的机会。
“郑芝龙，朕听说你在东番岛上也颇有势力，可有此事？”
郑芝龙闻言一怔，鬓角随即沁出了些许冷汗来，赶忙施礼回答：“回皇上，确有此事，因为臣之故乡土地贫瘠，如今又逢连年大旱，百姓颗粒难收，故而臣才招纳灾民，发给钱粮，送去东番岛上垦荒，臣之所为，皆是为了帮助朝廷赈灾解难，绝无其他非分之想，还望皇上明察！”
“哈哈哈——”朱天启听了郑芝龙的话不由得朗声大笑，随即说道：“郑芝龙，朕又没有说你此事做错了，你何必这般紧张，莫不是你做贼心虚了？”
郑芝龙一听此话，顿时汗湿全身，咕咚一下跪在了地上，叩首道：“臣对大明忠心耿耿，绝对二心，还望皇上明察！”
朱天启面带笑意地看着郑芝龙，良久才开口说道：“好啦，朕知道你对大明是忠心的，而且朕不仅知道你多次运送灾民到东番岛上去垦荒定居，也多次为朝廷击退了和兰人的入侵，你为朝廷做的事儿，朕都记着呢！”
郑芝龙听到这里，这才暗暗长舒了一口气，悬起的心缓缓落了地。
朱天启脸上的笑意淡去，他站起身来，脸上浮现出了坚毅决绝之色，朗声道：“东番岛乃是我华夏之土，岂可容那泰西人占据？
泰西人占据东番岛，不仅压榨我大明百姓，掠夺我大明物产，更是以此为根基，对我大明海疆虎视眈眈，朕岂可容之？如今时机已到，朕已决意，要发兵收复东番，驱逐泰西人！”
说道这里，朱天启把目光聚焦到了郑芝龙的身上，朗声问道：“郑芝龙，朕欲将收复东番之重任，托付与你，不知你可敢接下？”
郑芝龙闻言，没有丝毫犹豫，当即直起了身子，抱拳朗声答道：“臣愿接此重任，为朝廷驱逐泰西人，收复东番！”
“好！”朱天启当即抬手，王元宝双手捧着尚方宝剑送到了他的手边，朱天启一把握住尚方宝剑，走下平台，走到了了郑芝龙的身前，说道：“今日，朕就封你为复台大将军，将大明水师的八艘主力战舰交于你手，望你不要辜负朕对你的一片期望！”
郑芝龙抬起双手接下尚方宝剑，当即叩首道：“请皇上放心，臣定将不负皇上对臣之重托！”
朱天启微微点头，“那朕就静候佳音了！”
从皇极殿出来之后，郑芝龙顿感踌躇满志，意气风发，手握尚方宝剑，胸中满腔热血。
李邦华笑着对郑芝龙拱了拱手说道：“恭喜啊，郑将军，此去收复东番之后，便是郑将军飞黄腾达之时啊！”
郑芝龙赶忙拱手回礼，“军门大人抬举下官了，下官也是为朝廷办事，为皇上分忧，怎可只想着自己的前程富贵？”
李邦华笑了笑，倒是也没再多说什么，只是转而说道：“走吧，咱们得尽快赶回大沽口去，去交接一下战船才是！”
郑芝龙自然是没有异议的，虽然郑芝龙与李邦华这是刚到京城，都还没有好好歇一口气儿呢，便要又赶回大沽口去，不免有些辛苦，但是此时的郑芝龙可顾不上考虑辛苦不辛苦的问题了，那八艘主力战舰毕竟是李邦华这个海防总督的“宝贝”，人家肯这么爽快地交接给自己，便是给足了自己面子了。
李邦华倒是没有想那么多，也没有因为皇上把收复东番的重任交给了郑芝龙而心中嫉妒，因为他知道，皇上对他也是十分重视的，领兵打仗本就不是他的专长。
如今这征倭之战打了近半年，他也该回去好好整顿一下手下的大明水师，以及去巡视一番大明的造船厂了，治军、练兵和造船才是李邦华所擅长的事情，至于驱逐泰西人，收复东番的事情，还是让郑芝龙这个武将去做吧。
李邦华十分痛快地把八艘战船交给了郑芝龙，郑芝龙也没有多做停留，率领自己的部众，驾着这八艘战船便南下回自己的老家做准备去了。