初平元年（190）二月初，董卓见关东联军气势甚盛，对洛阳已经形成威胁之势，又因为董卓女婿牛辅带兵三万征讨伐河东穆公子领导的白波军大败，担心白波军和袁绍联合起来对付自己，决定迁都长安，杨彪、黄琬一再劝阻，被董卓在二月初五日免了职务，伍琼、周毖仍然认为不能迁都，董卓便在初十那天，以通敌罪杀死了当初举荐袁绍、刘岱等升官的周毖与伍琼等人。
但董卓很快又后悔杀死了周毖、伍琼二人，便重新任用了黄琬、杨彪。
其实当时的关东联军也只是威胁而已，还远远达不到攻取洛阳的程度！
其实大家都清楚，对董卓威胁最大的不是关东联军，而是直逼洛阳的穆公子大军！
董卓女婿牛辅带的三万兵马可是西凉军的主力，牛辅也是勇猛异常的大将，可是，竟然一到河东郡，就被穆公子手下的白波军打的大败！
白波军只是穆公子手下的一个分支，就能击溃西凉主力大军，现在穆公子集合了白波军、黑山军、吕梁军、匈奴精骑等几十万大军，你说说看，董卓能不担心吗？
好在穆公子选择了中立，非敌非友，要不然，洛阳早就被攻破了！
但是，屯驻在河西郡、河东郡的穆公子几十万大军对董卓来说仍旧是一个极大的威慑，要是那一天穆公子突然心血来潮，想要匡扶大汉了，或者是穆公子想自己一统江山了，整个洛阳顷刻间就陷入重围。
就算穆公子没有推翻朝廷的想法，也没有对付他董卓的想法，但是，几十万大军兵临城下，本身就是威慑！也是对洛阳城里反董势力无声的支持！
思来想去，还是把朝廷搬到长安稳妥！
董卓担心他走后，关东联军拥立废帝刘辩，另立朝廷，便在迁都之前，派李儒用鸩酒毒杀了废帝弘农王刘辩，又与众臣议论要发大军对抗关东诸侯军，但被郑泰劝阻了，于是董卓派刘表担任荆州刺史，派公孙度任辽东太守，以此来牵制反董势力。
董卓胁迫献帝迁都长安，又驱赶胁迫洛阳百姓数百万口同行。途中百姓遭军队抄掠践踏，再加上饥饿劳累，死者不计其数。
接着，董卓又下令将洛阳的宫殿、官府、民房等全部烧毁，方圆二百里化成一片灰烬。
（这里描述的有些夸张，主要是是突出董卓的残暴和心虚、无能！实际上焚烧一下宫殿，只是破坏一下洛阳的帝王之气，真要是将洛阳的宫殿、官府、民房等全部烧毁了，他董卓还怎么屯兵洛阳与联军对抗吗！）
董卓本人屯兵洛阳，与关东联军相对抗。
到了长安以后，又因为袁绍、袁术是关东联军的盟主，大杀袁氏族人，自袁绍叔父太傅袁隗以下，被杀死的袁氏族人多达五十多人。
由于各地纷纷起兵讨伐董卓，关东各地的税收自然就不可能再交给洛阳当局了，再加上战事不断，耗费巨大，董卓的财政支出就非常困难了。
于是，在初平元年（190）六月份的时候，董卓废除通行已久的汉五铢钱，改铸小钱流通，于是，洛阳、长安等地的铜人、铜货、铜钟等皆被毁坏，用来铸造小钱。
董卓改革货币，造成了币制紊乱，从此以后，大家不再使用小钱，促使实物交换盛行。
其实，钱币不能通行的真正原因，在于战乱引起的商业城市经济的衰颓和自然经济的发达。
董卓为防后院起火，前后受敌，召皇甫嵩为城门校尉，想寻找机会将他杀掉。董卓同时征召京兆尹盖勋为议郎，皇甫嵩当时统兵三万驻扎在扶风郡，盖勋秘密与皇甫嵩商议讨伐董卓。
长史梁衍也劝皇甫嵩迎接前来的汉献帝，并奉皇命讨伐董卓，联合关东诸路大军，消灭董卓势力。皇甫嵩皆不听，盖勋因自己兵弱不能独立行动，也只好回到雒阳。
皇甫嵩一到洛阳，主管官员便秉承董卓的意思，上奏朝廷，将他押入大牢，想趁机把他杀掉。
皇甫嵩的儿子皇甫坚寿跟董卓有交情，从长安跑到洛阳，投奔董卓。董卓正摆设酒宴，大会宾朋，皇甫坚寿抢步向前，与他辩理，且责以大义，叩头落泪。在座的宾客深受感动，纷纷替皇甫嵩求情。
董卓这才离席而起，拉皇甫坚寿和自己同坐，并派人释放皇甫嵩，任命他为议郎。后又升任御史中丞。