方孝儒面色不该，毫无畏惧，仰天大笑道：“逆贼！逆贼！早晚天必谴之，逆贼不得好死！”众兵将听了皆都恨恼，狠狠的把他推搡出去。
姚广孝见了，心中敬佩方孝儒的忠贞与涌起，连忙跪倒燕王面前，恳求道：“王爷，那方孝儒乃是天下名儒，他才学出众，天下读书人皆都以他为楷模，当日王爷起兵南攻时，属下也曾向王爷祈求过，希望王爷取得天下后的时候不要杀他，王爷也曾答应过，还请王爷不要杀了他，否则会令天下读书人寒心，那样以来天下的读书种子就没有了！还请王爷三思！”
燕王俯身搀扶起姚广孝，叹口气道：“军师请起，本王并没有忘记当初对军师你的承诺，本王又何真想杀他，但是他方孝儒如此狂悖，不肯顺从本王，本王若不杀他，那本王又怎能立威？哎！本王也是没有办法才不得已而为之，还望军师谅解本王的苦心！”
姚广孝还想再替方孝儒求情，但见燕王脸色冷峻，知道自己求也白求，是无法改变燕王的心意的，不禁暗自叹口气，低下头不再说话，燕王见了拍拍姚广孝的肩膀，这时马不平走过来，劝道：“军师不要多想了，还是商议一下王爷登基之事吧！”
燕王听了马不平的话，暗自欢喜，朝马不平点点头，投以赞许的目光，佟大千等人也道：“是啊，姚军师，王爷登基事大，你还要好好想想，好好筹备筹备！何必为了一个油盐不进的酸儒费心？”
姚广孝听了心头不悦，撇眼瞧了瞧佟大千等人，但当着朱棣的面也不好说些什么，沉吟一下，即对燕王道：“属下这就去筹备王爷登基之事！”说完向燕王请辞退出。
燕王待姚广孝出了大殿后，随即命人把方孝孺的朋友门生也列作一族，连同宗族合为十族，全部找齐抓起来，等候开刀问斩。
所谓十族即是父四族包括方孝儒自己一族、出嫁的姑母一族、出嫁的姐妹一族、出嫁的女儿一族，母三族包括方孝儒外祖父一族、外祖母一族、姨妈一族，妻二族包括方孝儒岳父一族、岳母一族，第十族是方孝儒的朋友门生。
建文四年七月，燕王朱棣即皇帝位，但他宣称不是继承朱允炆的帝位，而是继承明太祖朱元璋的帝位，于是废除建文年号，建文四年改称洪武三十五年。
朱棣即位后，改永乐元年，命人雕刻玉玺，册封王妃徐氏为皇后。对靖难功臣进行了封赏，因为马不平被施了宫刑，无法做官，燕王便下旨封他为三宝太监，并赐他郑姓，去了原名，改名为和，就是历史上曾七下西洋的郑和。
凡建文年间贬斥的官员，一律恢复原职，建文年间的各项改革一律取消，建文年间制定的各项法律规定，凡与太祖相悖的，一律废除。
在朱棣登上皇帝宝座的第八天，就在南京的聚宝门外开始诛方孝孺十族。方孝孺对自己即将被杀，丝毫不感到畏惧。但是，当他看到他的弟弟方孝友受自己的牵连，就要被砍头，深感痛心，泪流满面。
方孝孺兄弟三人，感情很好。哥哥方孝闻早在方孝孺任职汉中府的时候，就已病逝。方孝孺闻听丧讯，悲伤了很久。而今，弟弟又遭此劫难，方孝孺内心的伤痛无法言说。但他的弟弟方孝友却丝毫没有责怪他，反而在死前劝慰于他。
史载，诛方孝孺十族，死者达八百多人，行刑七日方止。临到最后杀方孝孺时，方孝孺谩骂不止。朱棣先是命人将方孝孺的嘴割裂至两耳，并割下舌头，随后处以凌迟之刑……
自古以来，最严厉的莫过于诛九族，从没有诛十族的先例。方孝孺一案，朱棣可算是开了先河，空前绝后。最为残忍的是，朱棣将逮捕的方氏族人和朋友都一一送到方孝孺的面前杀死，要他看着，折磨他。但是，方孝孺都不为所动。
方孝孺慷慨赴死，作绝命之词说道：“上天降下战乱忧患啊，谁知道其中的缘由，奸邪的臣子如了愿啊，求取国柄耍弄计谋。忠正的臣子愤怒悲怨啊，血泪淌流；以此血泪为君殉葬啊，或者另有什么企求。呜呼哀哉的悲鸣啊，大概不是我的怨尤。”时年四十六岁。他的门生、德庆侯廖永忠的孙子廖镛与其弟廖铭收拾他的遗骨，掩埋在聚宝门外的山上。
方孝孺的著作从此也被列为禁书，永乐年间凡藏书者皆为死罪。但是，仍有人冒死藏之，如《侯城集》等，使方孝孺的文章得以传世。
方孝孺被诛十族，成为中国历史上唯一被诛十族之人。另外齐泰同黄子澄不屈被朱棣杀害。齐泰的堂兄弟齐敬宗等人都被连坐诛杀，他的叔父齐时永、齐阳彦等发配边疆。齐泰的儿子仅仅六岁，免死发配，明世宗的时候才被赦免。
燕王朱棣夺取帝位后，回兵北上复攻济南，并在河北一带大肆屠杀百姓，到达济南，铁铉死守不肯投降，但终因寡不敌众，城池陷落。朱棣又设伏兵计擒铁铉，铁铉终于在淮南被俘，被押送到京师。
铁铉被押上大殿去见永乐帝朱棣时，破骂大骂不绝于口，立而不跪。朱棣使其面北一顾，终不可得。
永乐帝朱棣大怒，令人割下铁铉的耳朵、鼻子，煮熟后塞入他口中，问铁铉道：“铁铉，这肉滋味如何？”
铁铉冷笑一声厉声喝道：“哼！忠臣孝子的肉有什么不好吃？滋味好的很！哈哈哈……”铁骨铮铮毫无惧色。
朱棣还听了简直要气炸了肺，咬牙切齿的喝道：“我叫你嘴硬！来啊！”吩咐左右，架起油锅，燃起干柴，不大一会儿一大锅油就被烧开，油花滚滚，好不骇人。
铁铉一脸鄙夷，瞪着朱棣，哈哈大笑，朱棣见了狠狠的一拍龙书案，令人把铁铉投入滚油锅里炸了，大殿上顿时充满了焦煳气，骇的满殿文武皆都浑身冷汗。
朱棣仍不甘心，指着油锅里被油炸的铁铉怒道：“活着叫你朝拜我你不肯，炸成骨头灰你也得朝拜我！”
太监急忙把铁铉的骨架用铁棒夹着令其转身，没成想此时油锅里一声爆响，热油从锅里飞溅出来，直烫得太监们嗷嗷乱叫，铁铉的骨架硬是没有转身。忽的油锅起了大火，烈火熊熊，噼里啪啦，瞬间把铁铉的骨架吞噬。惊的大殿上顿时大乱，姚广孝、马不平、包云一等人连忙齐齐涌上护住永乐帝朱棣。
永乐帝惊骇惶恐，连忙命人救火，但油锅起火，锅里都是热油，无法用水浇灭，只能去殿外院子里挖掘土来扑火，等到一众人扑灭大火后，铁铉的骨架已经被大火烧尽。朱棣烦躁不安，连忙命人清理干净。
铁铉遇害后，其父母被发配到海南，他长子充军，次子做了官奴，后来被虐待而死。三十五岁的妻子杨氏和仅四岁的女儿也被籍没为奴，沦为乐户发配到当时的官营妓院做妓女。
朱棣虽然痛恨铁铉，但每每激赏他的忠义，还对群臣称赞他。后人尊敬其忠义不屈，在各地建立铁公祠来纪念他。南明朝廷追赠他为太保、加谥号忠襄，清乾隆时重新谥为忠定。
在山东各地，有很多“铁公”祠庙，皆是祭奉铁铉，济南人民更视其为乡土神或城隍爷。河南荥阳、陕西西安、辽宁沈阳等地铁姓回族均为铁铉后裔。
盛庸举众投降，朱棣继续任用盛庸。盛庸辞官后，多次遭到弹劾，被指有异心，盛庸无奈，于永乐元年选择自杀。
李景隆因为开金川门有功，被封太子太师，赐功臣勋号，加柱国，增岁禄，列于群臣之首。永乐二年，遭到周王、成国公、刑部尚书、吏部尚书、礼部尚书等人连番弹劾，被削爵圈禁。直至永乐末年，李景隆去方才世。
咱们再回过头来说冲虚、林绿衣夫妇保护着建文帝通过地道逃命，不知走了多少时辰，终于走到地道尽头，三人抬头往上一瞧，原来地道的尽头也是一口井，只是这井是眼枯井，并无井水。
冲虚看看头上的井口，核算一下，大概有两丈多高，便道：“皇上、绿衣你们且在这里稍等，我先上去瞧瞧情况！”
林绿衣道：“那好吧，冲虚哥你小心点儿！”冲虚点点头，道：“你放心吧！待我上去查看，安全的话咱们再救出皇上！”
建文帝此刻心中又惊又恐，肚子也饿的咕咕直叫，双腿也酸累的不行，早已一屁股坐在地上，垂头丧气的一声不吭。
冲虚见了无奈的摇了摇头，没有说话，瞅准井口，暗自提起一口气，纵身跃起，探脚踩踏井壁，借力纵向井口，转眼之间已经跃到井口，探出双手，紧紧的抓住井口，瞧瞧的弹出头去，发现此时天色将黑，四下里静悄悄的，冲虚探头四下里看看，见并无危险，方才双臂发力，纵身跃出井去。到了井外他不敢大意，俯下身子来，四下里又细细瞧了瞧，见四下里空无一人，方才放下心来，抽出腰间挂着的碧玉尺，寻一棵两丈来高的竹子削断并削去旁支，沿井口伸下，道：“皇上，你抓紧这跟竹竿，我拉你上来！”
建文帝在井底瞧着冲虚伸下来的竹竿，心中胆怯，害怕自己抓不紧会跌落下来，有些犹豫，这时冲虚又说道：“没事的皇上，你尽管紧紧握紧，我拉你上来就是了！”
林绿衣见建文帝犹豫不敢，道：“皇上，你害怕了？”
建文帝听了脸色一红，吱唔道：“没……没有……朕……朕……”说着想道自己眼下的处境，哪里还像一个皇帝，遂又道：“我怎么会害怕……”违心说话，自然底气不足，说着不禁看看林绿衣，见林绿衣正望着自己，不禁心中又是一阵羞臊。